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这篇文章用了GROMACS做经典力场分子动力学，看4.2节的介绍电场对体系的影响体现在原子电荷上面，直接拿溶剂原子电荷不为0和为0的情况下溶质原子 (C或O) 的总受力之差作为静电作用产生的力，除以原子电荷作为原子感受到的“电场” ["The subtraction of all nonelectrostatic forces (as determined by rerunning the trajectory with the charge-neutralized topology) from the total force results in a force exerted on a particular atom due only to electrostatic interactions (eq 2). The electrostatic force can be converted into an electrostatic field (eq 3) simply by dividing by the partial charge of the atom in question (either C or O of acetophenone or p-Ac-Phe)."] ，再平均两个原子的“电场”作为键的“电场”。说实话我认为这种处理方式不太能类推到量子化学计算上。
至于问题本身，鬼原子带基函数主要是用在BSSE计算里，处理原子中心基函数的不完备性误差对相互作用能的影响的。有时候中性分子获得过剩电子产生的的temporary anion state可能也需要额外基函数来表现弥散的电子分布。除此之外，如果鬼原子仅作为三维空间的坐标定位用、不应该对量子化学计算产生什么影响，我觉得没太多必要带基函数。 |
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发表于 Post on 2025-4-7 14:13:59
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