高斯优化CdSe优化团簇结构，发现结构中的H结构偏移严重

zyd

各位老师好 ，我在重复文献时间遇到了这样地问题：在优化CdSe团簇结构时，按照文献的方法江Cd以及Se原子固定，仅仅优化H原子的位置，下面的是我的输入文件以及初始结构



但是计算完之后显示如下的报错，发现结构中的H结构偏移严重，请问这个问题应该怎么解决呀

zjxitcc

如果体系坐标就是文献中获得的，并且想重复文献计算，应先确保计算级别与文献严格一致。若检查后无计算设置上的区别，那就发邮件问文献作者。论坛读者们是很难猜出答案的，保不齐像我这种还会质疑原文献计算。

zyd

zjxitcc 发表于 2025-4-8 10:29
如果体系坐标就是文献中获得的，并且想重复文献计算，应先确保计算级别与文献严格一致。若检查后无计算设置 ...

谢谢您，原文中是采用自定义基组sbkjc-VDZ*进行的，因为BSE基组数据库登不进去，所以我才认为的换成别的了，是我的原因没有保证条件的一致性。我再试一下

philartist

给H加上极化试试

Stardust0831

当前基组精度完全不够。
文献里用的SBKJC系列其实也不推荐在后续自己的计算中使用，这个系列主要用在GAMESS-US里（因为是其自带的唯一一个覆盖元素较全的赝势），而精度却不尽如人意。
可以试试看把基组换成def2-SVP，泛函换成PBE0-D3(BJ)。（高斯中关键词是opt freq pbe1pbe em=gd3bj def2svp）
优化前最好检查一下波函数稳定性。

zyd

Stardust0831 发表于 2025-4-8 13:00
当前基组精度完全不够。
文献里用的SBKJC系列其实也不推荐在后续自己的计算中使用，这个系列主要用在GAMES ...

谢谢，我马上试一下

zyd

philartist 发表于 2025-4-8 12:48
给H加上极化试试

嗯嗯，谢谢，我都试验一下

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “高斯软件优化团簇结构” 改了，以后务必注意

zyd

sobereva 发表于 2025-4-9 04:46
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师，我会注意的

zyd

philartist 发表于 2025-4-8 12:48
给H加上极化试试

根据您给的建议。我重新提交一了下任务；输入文件如下

%chk=Cd9Se7H22_01.chk
#p opt freq PBE1PBE/genecp em=gd3bj

Title Card Required

0 1
H                0    4.27007600    4.19441900   -0.64813600
H                0   -4.27007600    4.19441900   -0.64813600
H                0   -5.76751100    1.60078500   -0.64813600
H                0   -1.49743500   -5.79520300   -0.64813600
H                0    1.49743500   -5.79520300   -0.64813600
H                0    5.76751100    1.60078500   -0.64813600
H                0    1.21906800    5.63451900   -0.88504800
H                0   -1.21906800    5.63451900   -0.88504800
H                0   -5.48917100   -1.76151600   -0.88504800
H                0   -4.27010300   -3.87300400   -0.88504800
H                0    4.27010300   -3.87300400   -0.88504800
H                0    5.48917100   -1.76151600   -0.88504800
H                0    0.00000000    4.93097400    1.10493700
H                0   -4.27034900   -2.46548700    1.10493700
H                0    4.27034900   -2.46548700    1.10493700
H                0    2.13526700    2.96216500    2.83891600
H                0   -2.13526700    2.96216500    2.83891600
H                0   -3.63294400    0.36811200    2.83891600
H                0   -1.49767700   -3.33027800    2.83891600
H                0    1.49767700   -3.33027800    2.83891600
H                0    3.63294400    0.36811200    2.83891600
H                0    0.00000000    0.00000000    4.58598800
Se              -1    0.00000000    4.93095900   -0.38806300
Se              -1   -4.27033500   -2.46547900   -0.38806300
Se              -1    4.27033500   -2.46547900   -0.38806300
Se              -1   -2.13567300    1.23303100   -0.38806500
Se              -1    0.00000000   -2.46606300   -0.38806500
Se              -1    2.13567300    1.23303100   -0.38806500
Se              -1    0.00000000    0.00000000    3.09898800
Cd              -1   -4.27040900    2.46552200   -1.25911700
Cd              -1    0.00000000   -4.93104400   -1.25911700
Cd              -1    4.27040900    2.46552200   -1.25911700
Cd              -1    0.00000000    2.46548500   -1.25903800
Cd              -1   -2.13572100    1.23305900    2.22693500
Cd              -1   -2.13517300   -1.23274300   -1.25903800
Cd              -1    0.00000000   -2.46611800    2.22693500
Cd              -1    2.13517300   -1.23274300   -1.25903800
Cd              -1    2.13572100    1.23305900    2.22693500

Cd Se
lanl2DZ
****
H
6-31G(d)
****

Cd Se
lanl2DZ


但是计算结果失败了出现了这样的提示信息：
THERE ONCE WAS A GIRL NAMED IRENE,
WHO LIVED ON DISTILLED KEROSENE,
      BUT SHE STARTED ABSORBIN'
      A NEW HYDROCARBON,
AND SINCE THEN HAS NEVER BENZENE.
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /public/home/ac5jb9grtb/apprepo/gaussian/16a.03-none_v1.3/app/g16/l9999.exe at Fri Apr 11 01:17:40 2025.
Job cpu time:       1 days 14 hours 59 minutes 25.0 seconds.
Elapsed time:       1 days 15 hours  0 minutes 41.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    504 Int=      0 D2E=      0 Chk=     20 Scr=      1

zyd

Stardust0831 发表于 2025-4-8 13:00
当前基组精度完全不够。
文献里用的SBKJC系列其实也不推荐在后续自己的计算中使用，这个系列主要用在GAMES ...

您说的这个方法，确实运行正常，并且得到了很合理的结果，谢谢