计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 451|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Quantum ESPRESSO] 关于QE几何优化(pw.x)在双路服务器上并行效率低的问题

[复制链接 Copy URL]

13

帖子

0

威望

315

eV
积分
328

Level 3 能力者

本帖最后由 宸牧羊 于 2025-4-8 14:37 编辑

问题描述:在新买的双路AMD9654 768GB的服务器上跑QE的几何优化任务,并行效率非常低,远没有之前在7950X 128GB Rocky Linux虚拟机上快。
软件版本:qev7.0 按照sob老师这篇博文http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0&highlight=Quantum安装。两台机器的编译过程基本一致。
服务器上使用的命令:
1.export OMP_NUM_THREADS=24
mpirun -np 16 --map-by socket:PE=8 --bind-to core pw.x -in input.xxxx > output.xxxx &
2.export OMP_NUM_THREADS=8
mpirun -np 28 --map-by ppr:14:package:PE=8 --bind-to core pw.x -in input.xxxx > output.xxxx &
在window下虚拟机上运行命令:
mpirun -np 30 -x OMP_NUM_THREADS=1 pw.x -in input.xxxx > output.xxxx &

请问各位老师应当如何优化来提高并行效率,服务器配置问题,还是软件的编译问题?



√√√√√√问题后续:MPI库编译存在问题,导致出现重复输出现象,且消耗内存巨大。解决方案:检查系统的环境变量设置,再重新编译Openmpi、QE,随后并行速度正常,使用192核跑速度提升至51s。

out.opt_Gly_absorb

2.47 MB, 下载次数 Times of downloads: 4

虚拟机上运行,耗时200+s

out.7

567.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

服务器上命令2的输出。耗时1000+s

out.2

493.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

服务器上命令1的输出。耗时800+s

QE_opt_Co-gly-absorb-continue.relax.in

6.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

QE输入文件

无念,无想

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 14:45 , Processed in 0.153066 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list