分子间相互作用结合位点的起始建模合理性问题

Wu_Peng

本人对一个有机化合物（3-氨丙基三乙氧基硅烷）进行羧基官能化，想要计算结合能，探究其修饰前后对氨的结合能力差异。

根据化学直觉，初步判断氨与羧基可能存在氢键等相互作用。

我尝试了几种不同氨的摆放位置，初始摆放氨和羧基的相对位置存在极大的随机性和人为主观操控性，结果差异极大，即使微调氨与羧基之间的相对距离或角度，结果也在差异。

我的问题：

针对此类问题（两个或多个分子相互作用），单纯从理论计算层面，是否有一套客观合理的建模方法。

我目前的解决思路是：

1、根据实验如红外，单晶等确定可能相互作用和分子构型，但有时并不适用或难以得到理想的结果。

2、用molclus结合分子动力学进行构象搜索，找出合理的结果。尝试过，分子到处跑，也许需要加一些约束，但不确定如何设置合理一些。

18217265596

你这个直接酸碱反应了吧。

imasen

首先需要考虑实际情况下正确的质子化状态，比如是固相结合氨气分子，还是水溶液中结合铵根离子，当前pH下羧基是否去质子化。结合构型采样可以直接用genmer做（http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html）。采样前最好给当前结构在GFN2-xTB下优化一下，比如现在的酰胺键结构就是错的。

Stardust0831

跑飞的问题可以参考帖子《求助：用xtb做构型搜索的时候结构跑散了怎么办 》中社长给的PPT，加上球形限制势再试。

Wu_Peng

18217265596 发表于 2025-4-8 13:18
你这个直接酸碱反应了吧。

是的，对于羧基可能发生反应存在化学键作用。但修饰前只有暴露氨基，这个可能以氢键作用为主

Wu_Peng

imasen 发表于 2025-4-8 13:20
首先需要考虑实际情况下正确的质子化状态，比如是固相结合氨气分子，还是水溶液中结合铵根离子，当前pH下羧 ...

感谢回复，当前反应条件应该没有去质子化，研究的实际条件是固相有机物吸附氨气分子。上述图片为大概画了个示意图，没做结构优化，感谢指正。

Wu_Peng

Stardust0831 发表于 2025-4-8 13:21
跑飞的问题可以参考帖子《求助：用xtb做构型搜索的时候结构跑散了怎么办 》中社长给的PPT，加上球形限制势 ...

感谢提示，我试一下这个方法

Wu_Peng

感谢各位