运行MD之前多聚体蛋白散开怎么解决

bling莹莹子 · 发表于 Post on 2025-4-8 12:12:02

在进行完NPT平衡，运行MD之前蛋白质散开怎么解决。MD运行完成后蛋白质最外侧三个超螺旋结构和主体蛋白分离了

。这个蛋白是一个多聚体结构，需要删除重复的结构运行吗？

18217265596 · 发表于 Post on 2025-4-8 13:19:21

要么参数不合理
要么你的蛋白溶液中不该多聚

student0618 · 发表于 Post on 2025-4-8 13:20:54

没真散开，是周期性边界问题，trjconv 处理轨迹用-pbc cluster。

bling莹莹子 · 发表于 Post on 2025-4-8 14:47:30

student0618 发表于 2025-4-8 13:20
没真散开，是周期性边界问题，trjconv 处理轨迹用-pbc cluster。

好的谢谢，我试一下

bling莹莹子 · 发表于 Post on 2025-4-8 21:33:06

bling莹莹子发表于 2025-4-8 14:47
好的谢谢，我试一下

按照这个方法已经解决

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[GROMACS] 运行MD之前多聚体蛋白散开怎么解决