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[GROMACS] Gromacs构建金属离子模型

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本帖最后由 qczgzly 于 2017-3-10 21:53 编辑

  之前发文求助过,采用cationic dummy atom(CDA)模型可以使金属离子模型具有配位功能,相比单电荷离子模型更接近实际情况。然而在研究锌离子与组氨酸的自组装过程中发现,锌离子总是分散在水中,并不与咪唑上氮原子配位。实验数据是锌离子与咪唑氮的配位能力是与水分子氧的十万倍(Ka=10^6)。我觉得原因在于CDA模型中金属-配体间完全为离子键,水分子中氧的电荷为-0.8,咪唑基中氮的电荷为-0.5,因此以离子键进行配位的锌离子自然更倾向与氧配位。请问该如何解决这一问题呢?

gcq#413: "I know poetry is not dead, nor genius lost; nor has Mammon gained power over either, to bind or slay; they will both assert their existence, their presence, their liberty and strength again one day." (Jane Eyre in Jane Eyre by Charlotte Bronte)

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发表于 Post on 2019-5-24 20:13:03 | 只看该作者 Only view this author
请问,这个问题解决了嘛?近期也做一些配合物计算,Gromacs可以模拟配合物的形成过程嘛?谢谢

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发表于 Post on 2019-5-24 20:35:18 | 只看该作者 Only view this author
AMBER软件中,cationic dummy atom(CDA)模型需要指定Zn和组氨酸成键,是一种成键模型,His,Cys等配位的氨基酸有特殊的氨基酸类型。

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发表于 Post on 2019-5-24 22:53:33 | 只看该作者 Only view this author
caohuiming 发表于 2019-5-24 20:35
AMBER软件中,cationic dummy atom(CDA)模型需要指定Zn和组氨酸成键,是一种成键模型,His,Cys等配位的 ...

是ZAFF或MCPB吧
一程山水一程歌

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发表于 Post on 2019-5-25 03:21:58 | 只看该作者 Only view this author
tianyongpan 发表于 2019-5-24 20:13
请问,这个问题解决了嘛?近期也做一些配合物计算,Gromacs可以模拟配合物的形成过程嘛?谢谢

配位键形成过程模拟不了,gromacs不支持任何反应力场
只有纯粹静电作用的结合过程,比如Ca离子结合到蛋白某个地方,这类的可以模拟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-5-25 22:43:54 | 只看该作者 Only view this author
很可能是组氨酸与锌离子之间的相互作用不够,你可以量化计算一下锌离子与组氨酸之间的相互作用,跟经典的比较一下。

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发表于 Post on 2019-5-26 10:35:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-25 03:21
配位键形成过程模拟不了,gromacs不支持任何反应力场
只有纯粹静电作用的结合过程,比如Ca离子结合到蛋 ...

请问卢老师,我按照博文中能量分解的方法进行了能量分解,金属离子和有机分子之间主要是静电作用、色散和交换互斥,数值分别是-120,80,-23。这种情况可以用Gromacs模拟它们在水中的结合过程嘛

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发表于 Post on 2019-5-27 03:54:24 | 只看该作者 Only view this author
tianyongpan 发表于 2019-5-26 10:35
请问卢老师,我按照博文中能量分解的方法进行了能量分解,金属离子和有机分子之间主要是静电作用、色散和 ...

简单一句话:d、f族过渡金属与有机分子成键过程,没法靠GROMACS模拟,因为这种键肯定存在共价作用,不可能光靠范德华+静电作用描述
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-5-27 09:27:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-27 03:54
简单一句话:d、f族过渡金属与有机分子成键过程,没法靠GROMACS模拟,因为这种键肯定存在共价作用,不可 ...

多谢!

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