计算过渡态时，输入文件的分子结构坐标和资料不一样

牛肉和萝卜秧子

各位大佬好，我之前复现一篇文章的过渡态计算时，用的直接是文献补充资料的分子结构坐标，图一（节选了一部分）。但是现在需要自己展现这个过程，我的操作是用chendraw画2D结构，然后导入chem3D做了一下MM2的结构最小化操作，再导入Gaussview生成gjf文件，发现同样的化合物坐标不一样（图二），3D结构也不一样（图三，图四）。查了一下发现都是这个操作流程，求大神们指教我哪里做错了得不到分子结构坐标。

Uus/pMeC6H4-/キ

仔细看这个老帖提问下面的回复……文献补充资料有坐标的话直接复制粘贴导出文件不就行了，把原子序号改为元素符号也不难，何必自己另外画呢。这种柔性分子三维结构不唯一，需要做构象搜索哦。

推荐博文：
谈谈学量子化学如何正确地入门 http://sobereva.com/355
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因 http://sobereva.com/678
Molclus FAQ http://sobereva.com/730

Stardust0831

这种化合物能找到很多构象是很正常的事。
可以做构象搜索找到这个化合物的所有构象。

牛肉和萝卜秧子

Stardust0831 发表于 2025-4-8 22:04
这种化合物能找到很多构象是很正常的事。
可以做构象搜索找到这个化合物的所有构象。

你好大佬，请问我这个操作不大合理是嘛？需要先去做构想搜索再去做优化么？之前还以为我画什么样就是什么样呢，感谢大佬的回答

牛肉和萝卜秧子

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-8 22:03
仔细看这个老帖提问下面的回复……文献补充资料有坐标的话直接复制粘贴导出文件不就行了，把原子序号改为元 ...

感谢大佬的回复，因为做的这个课题反应式的一半和复现文献重合有现成的坐标，还有另一半需要自己解决，之前还没有找到方法得到分子结构的坐标这就去看这个老铁，感谢大佬

牛肉和萝卜秧子

Stardust0831 发表于 2025-4-8 22:04
这种化合物能找到很多构象是很正常的事。
可以做构象搜索找到这个化合物的所有构象。

大佬还想问您一个问题，就是不同构象对结果是有影响的是嘛？我不能随便拿一个构象去做么

Stardust0831

牛肉和萝卜秧子 发表于 2025-4-8 23:39
大佬还想问您一个问题，就是不同构象对结果是有影响的是嘛？我不能随便拿一个构象去做么

通常需要取能垒最低的过渡态。这需要做一定的构象搜索。

sobereva

牛肉和萝卜秧子 发表于 2025-4-8 23:39
大佬还想问您一个问题，就是不同构象对结果是有影响的是嘛？我不能随便拿一个构象去做么

所有做分子体系量子化学计算的人必须知道什么叫构象搜索、构象如何影响结果，这是最基本的常识性知识。

认真看下文，并且有什么问题等看完了再问
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383（http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html）

牛肉和萝卜秧子

Stardust0831 发表于 2025-4-9 00:01
通常需要取能垒最低的过渡态。这需要做一定的构象搜索。

好哒明白啦 谢谢您

牛肉和萝卜秧子

sobereva 发表于 2025-4-9 04:11
所有做分子体系量子化学计算的人必须知道什么叫构象搜索、构象如何影响结果，这是最基本的常识性知识。
...

好哒 我去学习一下 非常感谢您