计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 293|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 组装体跑出盒子,RMSD值没有平衡,波动大

[复制链接 Copy URL]

78

帖子

0

威望

323

eV
积分
401

Level 3 能力者

在200ns的MD模拟(NPT)后,使用gmx rms查看RMSD

结果图示这样的轨迹是这样,有跑出盒子是怎么回事


6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-4-9 23:08:45 | 只看该作者 Only view this author
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
看此文的RMSD部分
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

323

eV
积分
401

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-14 10:20:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 milk_q 于 2025-4-14 10:22 编辑
sobereva 发表于 2025-4-9 23:08
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-271 ...
sob老师,是系统还没有平衡吗?我看轨迹发现有一段分子发生平动,整体一直处于部分跑出盒子的状态,用了-pbc mol -cluster平动更多了

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-4-15 04:11:24 | 只看该作者 Only view this author
milk_q 发表于 2025-4-14 10:20
sob老师,是系统还没有平衡吗?我看轨迹发现有一段分子发生平动,整体一直处于部分跑出盒子的状态,用了-pb ...

弄清楚跨盒子是怎么影响RMSD曲线的,文中说了原因
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 12:28 , Processed in 0.164714 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list