关于amber力场的格式

kjxwl3

大家好，向大家请教一个问题，是关于amber的力场的问题，不知道力场文件中LJ势等参数的形式，不同的程序往往是不同的，单位也不尽相同：
我查了查文献，amber里面的哈密顿量的具体形式是：

但是我查阅了amber的力场文件的数值，尤其是LJ势，肯定不是这样按A，B写入力场文件的。不过我也看到了其它的两种形式：



如果按照第一种，gromacs是这样组织来写入力场文件的，我对比了tip3p的参数，发现OW的sigma是3.15061，而amber力场文件中却是1.7683，单位应该都是埃。所以也不是的这样的。后面的我也换算了一下，好像也不是这样。amber力场文件里面nonbond项的“MOD4      RE”，好像与这个有关。

lujun

具体是哪三个公式，好像没法显示公式。
我现在在添加amber力场时也遇到类似问题了。

kjxwl3

lujun 发表于 2017-3-12 17:05
具体是哪三个公式，好像没法显示公式。
我现在在添加amber力场时也遇到类似问题了。

我粘贴上去了，没有显示。我编辑一下吧，我写下三个LJ势公式：
(1) E_LJ = A/R^12 - B/R^6
(2) E_LJ = 4e*((sigma/R)^12 - (sigma/R)^6)
(3) E_LJ = e*((R_min/R)^12 - 2*(R_min/R)^6)

sobereva

贴图方式看置顶的新人必读

读入哪种参数形式取决于设定的选项

         - 10 -      ***** INPUT FOR THE 6-12 POTENTIAL PARAMETERS *****

                     LABEL , KINDNB

                         FORMAT(A4,6X,A2)

         LABEL       The name of the non-bonded input parameter to be
                     used.  It has to be matched with "NAMNB" read through
                     unit 5.  The program searches the file to load the
                     the required non-bonded parameters.  If that name is
                     not found the run will be terminated.

         KINDNB      Flag for the type of 6-12 parameters.

          'SK'       Slater-Kirkwood parameters are input.
                     see "caution" below.

          'RE'       van der Waals radius and the potential well depth
                     parameters are read.

          'AC'       The 6-12 potential coefficients are read.

             NOTE: All the non equivalenced atoms' parameters have to
                   be given.

           The input is terminated when label .eq. 'END'

再加上对照.dat里的参数和原文里的参数和公式很容易就能弄清楚

KiritsuguPapa

.dat里的参数分别是vdw半径和welldepth。 参考 http://ambermd.org/Questions/vdwequation.pdf