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[VMD] volmap计算溶质分子周围溶剂分子的SDF异常求助

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问一下各位大佬,我要计算溶质分子周围溶剂分子的SDF。把一个溶质分子固定在盒子中央后,左图是加入了116个溶剂分子,右图是400个溶剂分子,都输出了4万帧得到的结果(iso调试过了)。我想请问一下,右图为什么会是这样的结果,想跑出明显的效果还是要继续增多输出的帧数吗

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发表于 Post on 2025-4-15 04:03:10 | 只看该作者 Only view this author
明显是哪操作不当(如volmap里选择语句输错了),否则等值面不可能正好是理想圆形
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-15 12:56:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-15 04:03
明显是哪操作不当(如volmap里选择语句输错了),否则等值面不可能正好是理想圆形

哦哦,确实是因为没选对

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-16 18:46:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-15 04:03
明显是哪操作不当(如volmap里选择语句输错了),否则等值面不可能正好是理想圆形

老师,我还想问一下,我这个模拟输出2万帧(一楼的左图)和十万帧好像没什么差别,我该怎么调节才能做出类似您讲义上那种图像呢

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发表于 Post on 2025-4-17 15:00:28 | 只看该作者 Only view this author
XIANGCAI 发表于 2025-4-16 18:46
老师,我还想问一下,我这个模拟输出2万帧(一楼的左图)和十万帧好像没什么差别,我该怎么调节才能做出 ...

进一步增加帧数结果没什么变化,说明之前考虑的帧数就已经够多了
这和我讲义上的sdf等值面的基本特征也没什么明显区别。显示效果的差异自己调调就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-17 19:49:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-17 15:00
进一步增加帧数结果没什么变化,说明之前考虑的帧数就已经够多了
这和我讲义上的sdf等值面的基本特征也 ...

好滴,谢谢老师。我还想问问老师,就是我要算溶液体系中葡萄糖脱水生成其他产物的反应机理,建议学习VASP还是CP2K呢,会不会上手很难。

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发表于 Post on 2025-4-18 05:34:07 | 只看该作者 Only view this author
XIANGCAI 发表于 2025-4-17 19:49
好滴,谢谢老师。我还想问问老师,就是我要算溶液体系中葡萄糖脱水生成其他产物的反应机理,建议学习VASP ...

看你以什么方式研究
静态地研究,诸如找过渡态、中间体、算势垒,之后再结合Multiwfn做波函数分析之类,Gaussian就是首选。通过北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)顺利就学会了
对当前体系,倘若你要做第一性原理动力学(很耗时)研究显式溶剂下的动态反应情况,才需要CP2K。难不难完全取决于怎么学,纯靠自己看零七八碎的资料鼓捣巨难,而通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)很容易就能上手。

跟VASP没有丝毫联系。虽然它也支持第一性原理动力学,但速度只有CP2K的零头,还卖得巨贵。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 17:11:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-18 05:34
看你以什么方式研究
静态地研究,诸如找过渡态、中间体、算势垒,之后再结合Multiwfn做波函数分析之类, ...

老师,我想跑葡萄糖(溶质分子5个)在二甲基亚砜、γ-戊内酯等(溶剂分子500个左右)中的脱水反应。
问题1:用CP2K算的话,这个体系需不需要超算,还是普通服务器(我的是linux系统)就够了
问题2:学习CP2K培训班的内容,会涵盖我要做的这部分(或者类似的)吗

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发表于 Post on 2025-4-23 19:16:15 | 只看该作者 Only view this author
XIANGCAI 发表于 2025-4-23 17:11
老师,我想跑葡萄糖(溶质分子5个)在二甲基亚砜、γ-戊内酯等(溶剂分子500个左右)中的脱水反应。
问题1: ...

你还是没说是要静态地还是动态地研究这个过程,两种方式都是可以研究这个过程的。

如果是静态地研究、用隐式溶剂模型,Gaussian就能做得很好,而且耗时不算高。学过北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)就能做,再参加北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)可以做得更好。

如果必须要用显式溶剂模型跑动力学,一般的计算条件下(普通服务器)用CP2K只能用GFN1-xTB等半经验级别,而且耗时很高。CP2K培训学过之后就知道怎么做
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-24 19:20:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-23 19:16
你还是没说是要静态地还是动态地研究这个过程,两种方式都是可以研究这个过程的。

如果是静态地研究、 ...

我要用显式溶剂模型跑动力学,应该就是要使用CP2K吧。
1.普通服务器的话一个体系大概一个月能跑完吗,我不太了解这个计算过程,可以通过适当减少分子数量来节省时间吗(比如等比例减到3:300),会不会影响准确性?
2.使用GFN1-xTB等半经验级别的话,都可以算些什么,足够我研究脱水反应机理吗(比如确定反应路径、识别速率决定步骤、检测中间体和过渡态,绘制能量剖面、电子结构变化(计算电荷转移、分子轨道变化等)

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发表于 Post on 2025-4-24 21:35:35 | 只看该作者 Only view this author
XIANGCAI 发表于 2025-4-24 19:20
我要用显式溶剂模型跑动力学,应该就是要使用CP2K吧。
1.普通服务器的话一个体系大概一个月能跑完吗,我 ...

1 看原子数,以及用的级别(纯泛函还是GFN1-xTB),以及中途是否因为踩坑、重试而浪费时间

2 和结构、能量有关的都可以。CP2K的半经验级别无法产生molden文件用于Multiwfn看轨道和做波函数分析
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-8 20:32:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-24 21:35
1 看原子数,以及用的级别(纯泛函还是GFN1-xTB),以及中途是否因为踩坑、重试而浪费时间

2 和结构、 ...

老师好,我在调试的时候发现resolution和atom size不同得到的图像差距较大,像我的体系中分析的是DMSO/THF/GVL溶剂分子,数值大概设置在什么区间比较好呢,或者有什么依据可以用来选取数值吗

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发表于 Post on 2025-5-9 00:08:20 | 只看该作者 Only view this author
XIANGCAI 发表于 2025-5-8 20:32
老师好,我在调试的时候发现resolution和atom size不同得到的图像差距较大,像我的体系中分析的是DMSO/TH ...
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这页幻灯片里的说明:
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-11 21:28:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-9 00:08
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这页幻灯片里的说明:

老师,我想问下能不能把得到的SDF结果molecule保存下来,下次直接导入VMD中

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发表于 Post on 2025-5-11 23:33:26 | 只看该作者 Only view this author
XIANGCAI 发表于 2025-5-11 21:28
老师,我想问下能不能把得到的SDF结果molecule保存下来,下次直接导入VMD中

“SDF结果molecule保存下来”语义不明。如果你是指保存成格点数据文件,volmap可以导出成dx格式,之后可以载入VMD,也可以用Multiwfn转成cube之类其它格式
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