分子筛簇构型计算反应过程自由能，计算频率时不确定算哪些分子和原子的频率

Edenyidi

最近在照着文献计算ZSM-5分子筛催化过程的一个反应的吉布斯自由能，参考文献和论文把最初的ZSM-5分子筛截取为了14T构型，终端加H饱和后固定终端氢原子做了结构优化（看文献说是避免构型散架，事实确实如此），在计算乙烯分子吸附在酸性位点的吉布斯自由能时我将整个分子筛除了酸性位点和乙烯分子全部固定了坐标，然后在结构优化时勾选了Frequency，计算得到的outmol文件提取了能量请问这样操作是合理的吗？不合理的话该如何正确计算出此构型的吉布斯自由能呢？谢谢大家。
下图为构型：

Edenyidi

卡卡老师，可以麻烦您指导一下嘛，谢谢！@卡开发发  

卡开发发

1、一般而言固定边缘非H原子就行了（只能说对于化学环境相对局域且簇挖的足够大的情况是有那么些道理可言的），如果边缘H一定要固定那可能需要想个合理策略。
2、自由能的获取应该要在结构优化的最后一帧提取对应的自洽场能量，再到频率计算部分找到对核运动的自由能进行提取，然后将两者进行相加，不过我没记错的话可能DMol3对于固定原子的情况可能没办法得到自由能。且须注意就算不做固定，对非周期边界的计算DMol3会把簇当成气态分子，会把不必要的平动转动算进去，你需要手动去除。
3、至少以当前的模型说，DMol3没啥优势，你应该试试ORCA，如果没Gaussian版权的话。

Edenyidi

卡开发发 发表于 2025-4-15 16:42
1、一般而言固定边缘非H原子就行了（只能说对于化学环境相对局域且簇挖的足够大的情况是有那么些道理可言的 ...

谢谢老师的回复，您提到的问题确实是我没考虑到的，很详细学到很多！
1、固定原子完全是看到文献说可以减少计算量才进行了固定（因为自己的电脑确实跑不动），放开了活性区域和吸附分子，这一点我得再去瞧瞧；
2、手动去除平动转动的部分我也再去看看文献和资料；
3、Gaussian确实没版权，准备学学ORCA。
再次谢谢卡卡老师的回复！

卡开发发

Edenyidi 发表于 2025-4-15 16:54
谢谢老师的回复，您提到的问题确实是我没考虑到的，很详细学到很多！
1、固定原子完全是看到文献说可以 ...

1、并非把簇截取小节约计算量问题就完全解决了，你需要在效率和物理问题描述的可靠性上找一个平衡。
2、这方面你可能得看看相关知识，我就不做过多介绍了。MS在这点确实还可以，手册对一些公式都给出来，你可以对照一些统计力学/化学统计热力学的书来了解它们。

Edenyidi

卡开发发 发表于 2025-4-15 16:57
1、并非把簇截取小节约计算量问题就完全解决了，你需要在效率和物理问题描述的可靠性上找一个平衡。
2、 ...

好的，确实应该找到平衡点，我去查查资料和书籍，谢谢老师的回复！