求助：在gmx对盒子中30个相同分子进行MD模拟后，molclus+xtb计算的能量的具体指向

milliliter · 发表于 Post on 2025-4-15 22:30:28

本帖最后由 milliliter 于 2025-4-15 22:30 编辑

先前用gromacs在6nm立方体盒子中插入30个相同的有机分子进行MD模拟，现在想对这个（1个）分子进行构象分析，如果直接用gmx得到的输出文件（转换成.xyz）进行初步优化（采用molclus+xtb），计算的能量是这个分子的，还是盒子中30个分子整体的？求各位老师解答。

gyp · 发表于 Post on 2025-4-16 00:22:33

30个整体的，相当于这个分子的30聚体，参考使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索第三节

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-16 04:46:26

既然是对一个分子做构象搜索，肯定是从体系中提取一个分子（VMD载入动力学轨迹，保存成traj.xyz时选择语句只选择一个分子，如resid 1），然后给molclus处理。而如果你是要做30分子的团簇构型搜索，那则是对30个分子来做。

milliliter · 发表于 Post on 2025-4-16 10:37:17

gyp 发表于 2025-4-16 00:22
30个整体的，相当于这个分子的30聚体，参考使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索第三节

谢谢老师解答

milliliter · 发表于 Post on 2025-4-16 10:38:51

sobereva 发表于 2025-4-16 04:46
既然是对一个分子做构象搜索，肯定是从体系中提取一个分子（VMD载入动力学轨迹，保存成traj.xyz时选择语句 ...

明白了。谢谢sob老师

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[综合交流] 求助：在gmx对盒子中30个相同分子进行MD模拟后，molclus+xtb计算的能量的具体指向

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