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[新手求助] GaussView构建环十肽求助

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老师们,我想用gaussview构建一个环十肽,我先搭建了一个线性十肽,但是该如何将首端N与末端的C连接在一起形成规整的环状肽呢?
我也尝试过用ChemDraw绘制2D结构后复制粘贴到Chem3D中得到三维结构,但这样得出的环肽原子拥挤间距过小极不规整。
感谢各位老师解答。

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发表于 Post on 2025-4-17 15:40:24 | 只看该作者 Only view this author
恰当编辑两端结构,并且把两端原子间要形成的键画出来,然后用扫把工具或者调用Gaussian通过UFF力场快速优化,环就闭合了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-4-17 20:12:30 | 只看该作者 Only view this author
Chem3D 也有 MM2 优化,虽然比较玩具,但肯定比完全不优化要好
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-17 20:13:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 oillio 于 2025-4-17 20:17 编辑
sobereva 发表于 2025-4-17 15:40
恰当编辑两端结构,并且把两端原子间要形成的键画出来,然后用扫把工具或者调用Gaussian通过UFF力场快速优 ...

老师,我构建完线性十肽之后将首尾连接了起来,然后用了扫把工具,得到的三维结构依然混乱,甚至出现了胡乱连键。这种情况下我能用B3LYP  6-31G进行优化以求结构规整吗?还是必须进行修正,去除明显不合理接触后再进行优化?(我想用环十肽跑动力学看构象)
感谢老师解答。 C:\Users\ASUS\Desktop

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发表于 Post on 2025-4-18 05:32:08 | 只看该作者 Only view this author
oillio 发表于 2025-4-17 20:13
老师,我构建完线性十肽之后将首尾连接了起来,然后用了扫把工具,得到的三维结构依然混乱,甚至出现了胡 ...

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法
http://sobereva.com/594http://bbs.keinsci.com/thread-22945-1-1.html

用上文说的Avogadro先把体系掰弯,首尾近乎相接,然后再这么操作。
并且似乎你当前连的方式不对
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