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[Quantum ESPRESSO] QE产生的cube文件如何在vmd中绘制电荷密度图

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请问各位老师,我使用Quantum Espresso对Si做了自洽计算,然后生成了cub文件,我想参考sob老师的博文(在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元)绘制电荷密度图,但是角落和边界处的Si原子都无法正常显示,请问如何解决这个问题呢?

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cube文件

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2#
发表于 Post on 2025-4-23 11:22:43 | 只看该作者 Only view this author
解决方法:把cube文件载入Multiwfn,把格点数据的盒子定义成晶胞,然后给晶胞加上边缘原子,之后导出新的cube文件。
具体操作:启动Multiwfn(必须是2025-4-23及以后的版本),载入cube文件,然后依次输入
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new.cub
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 12:15:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-23 11:22
解决方法:把cube文件载入Multiwfn,把格点数据的盒子定义成晶胞,然后给晶胞加上边缘原子,之后导出新的cu ...

感谢sob老师,根据您的建议,已经完美复现

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