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[GROMACS] 平衡电荷步骤报错

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楼主
各位老师好,请问在运行平衡电荷步骤时遇到下面的报错应该怎么解决,试了增大盒子无法解决,不知道还有什么办法了,麻烦老师指导一下。
Reading file ions.tpr, VERSION 2020.6-MODIFIED (single precision)
Reading file ions.tpr, VERSION 2020.6-MODIFIED (single precision)
Will try to add 41 NA ions and 0 CL ions.
Select a continuous group of solvent molecules
Group     0 (         System) has 353905 elements
Group     1 (        Protein) has 21352 elements
Group     2 (      Protein-H) has 10687 elements
Group     3 (        C-alpha) has  1307 elements
Group     4 (       Backbone) has  3921 elements
Group     5 (      MainChain) has  5229 elements
Group     6 (   MainChain+Cb) has  6478 elements
Group     7 (    MainChain+H) has  6489 elements
Group     8 (      SideChain) has 14863 elements
Group     9 (    SideChain-H) has  5458 elements
Group    10 (    Prot-Masses) has 21352 elements
Group    11 (    non-Protein) has 332553 elements
Group    12 (            RNA) has  1440 elements
Group    13 (            MOL) has   666 elements
Group    14 (          Other) has   666 elements
Group    15 (            MOL) has   666 elements
Group    16 (          Water) has 330447 elements
Group    17 (            SOL) has 330447 elements
Group    18 (      non-Water) has 23458 elements
Select a group: 15
Selected 15: 'MOL'
Number of (666-atomic) solvent molecules: 1

-------------------------------------------------------
Program:     gmx genion, version 2020.6-MODIFIED
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\genion.cpp (line 614)

Fatal error:
Not enough solvent for adding ions

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

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发表于 Post on 2025-4-23 15:36:56 | 只看该作者 Only view this author
描述要准确,说清楚当前运行的是gmx genion命令。上传结构文件、贴出来运行的具体命令

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 21:29:12 | 只看该作者 Only view this author
好的老师。我的当前运行的命令是gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral,由于文件过大,我删除了一部分。

TOTAL.top

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