求助：使用VMD绘制分子的Spin Density图如何隐藏部分离子

xuzhiwei1017

老师好，我使用VMD对化合物的Spin Density图的时候，由于存在一个阴离子，导致画图时，有机框架和阴离子存在重叠，会导致看不清楚分布情况。针对阴离子这一部分是否可以隐藏起来呢？

sobereva

这是计算格点数据层面的事，不是VMD显示层面的事
Multiwfn计算自旋密度格点数据之前用主功能6里的-4 Exclude contribution of some atoms to real space functions，输入那些原子的序号，然后再计算自旋密度，就可以扣除它们的贡献。

xuzhiwei1017

sobereva 发表于 2025-4-23 18:42
这是计算格点数据层面的事，不是VMD显示层面的事
Multiwfn计算自旋密度格点数据之前用主功能6里的-4 Exclu ...

谢谢老师的解答。我尝试过扣除阴离子的贡献，然后得到的自选密度结果出现了很大的问题，看来这一部分是无法扣除的。

Uus/pMeC6H4-/キ

xuzhiwei1017 发表于 2025-4-23 19:11
谢谢老师的解答。我尝试过扣除阴离子的贡献，然后得到的自选密度结果出现了很大的问题，看来这一部分是无 ...

如果是[BF4]-这种普通惰性阴离子的话似乎没什么理由体现非零自旋密度，要不干脆去掉阴离子只计算有机阳离子看看呢？没准溶液里面阴阳离子都是解离的，本来就不需要一块计算。

编辑：看了下楼主去年的http://bbs.keinsci.com/thread-45132-1-1.html，如果是[FeCl4]-这种涉及过渡金属的阴离子，那是有可能带自旋密度的，而且要考虑与有机阳离子的自旋状态的耦合，的确不方便移除。结果本身也得注意有没有做阴阳离子结合的团簇的构型搜索、收敛到的波函数是否稳定且轨道占据数是否合理等等。至于VMD作图，或许恰当设置clipping plane可以在渲染出的图像中把阴离子隐藏，但这都是后话了。

xuzhiwei1017

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-23 21:38
如果是-这种普通惰性阴离子的话似乎没什么理由体现非零自旋密度，要不干脆去掉阴离子只计算有机阳离子看 ...

谢谢您的指导。我也考虑过这个问题。由于Fe的存在，自由基与Fe之间存在反铁磁耦合。所以现在做的计算是孤立体系，而没有考虑用团簇的模型进行。这个问题也是一直在纠结的过程。因为涉及到团簇的模型的话，必然整个计算就比较繁琐和耗时了。