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楼主 Author: 故1996
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[新手求助] 复合物优化采用6-311+G(d),后续计算单点能和结合能采用ma-QZVP基组,可以不考虑BSSE吗

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发表于 Post on 2025-6-7 09:31:56 | 只看该作者 Only view this author
QJW 发表于 2025-6-7 00:02
老师,我还有个问题,像这种构型搜索,是只针对大分子还是大分子和他的吸附质一起构型搜索啊
辛苦老师! ...

一起搜索,因为你需要知道最稳定的吸附构型
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2025-6-7 20:18:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-7 09:31
一起搜索,因为你需要知道最稳定的吸附构型

老师,您的意思我明白了,就是通过构象搜索尽可能的让每一步都符合实验的实际情况,我还有个问题,我想做这种柔性分子的非基元反应的吉布斯自由能,按理说过渡态和中间体的存在时间都是非常短的,那么这种怎么保证尽量与实验符合呢?构象搜索我理解的是稳定态,直接建模优化结果肯定也不唯一。

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发表于 Post on 2025-6-7 21:25:42 | 只看该作者 Only view this author
QJW 发表于 2025-6-7 20:18
老师,您的意思我明白了,就是通过构象搜索尽可能的让每一步都符合实验的实际情况,我还有个问题,我想做 ...

所以只搜到最稳定构象,然后之后只取这一个构象做后续计算,是近似的做法。更准确的做法是把所有能量较低(例如比最稳定构象高3kcal/mol以内)的构象都搜全,然后做Boltzmann平均
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-6-8 18:08:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-7 21:25
所以只搜到最稳定构象,然后之后只取这一个构象做后续计算,是近似的做法。更准确的做法是把所有能量较低 ...

请问老师,这种近似的做法能发文章吗?感觉对一个分子穷举所有的构象对改进实验意义不会很大,毕竟实验往往控制不了构象

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发表于 Post on 2025-6-8 18:13:39 | 只看该作者 Only view this author
QJW 发表于 2025-6-8 18:08
请问老师,这种近似的做法能发文章吗?感觉对一个分子穷举所有的构象对改进实验意义不会很大,毕竟实验往 ...

这个和构象是否能控制没有关系。
正是因为实验控制不了构象,所以实验上各个构象的比例遵从Boltzmann分布。你把Boltzmann分布算出来,结果是可以和实验对比的。至于只取能量最低的构象的做法,等价于近似认为只有Boltzmann weight最大的构象才有贡献,当需要的精度足够低的时候这样做肯定是可以的,如果不确定你需要的精度算不算足够低,那就按不能算足够低来处理,也就是做Boltzmann平均
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-6-8 20:34:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-8 18:13
这个和构象是否能控制没有关系。
正是因为实验控制不了构象,所以实验上各个构象的比例遵从Boltzmann分 ...

辛苦老师!还有个问题,对于反应可能的过渡态和中间体怎么讨论呢,哪怕前后都构象搜索了,中间可能的中间体和过渡态肯定是未知的,这个是要给个初猜然后算吗,那怎么确定自己的初猜就是最可能的那个路径呢?

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发表于 Post on 2025-6-8 20:36:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-8 18:13
这个和构象是否能控制没有关系。
正是因为实验控制不了构象,所以实验上各个构象的比例遵从Boltzmann分 ...

我现在了解到的是DFT求得是区域极小值,然后那个分布好像是稳定态的分布,然后我就尬在这里了

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发表于 Post on 2025-6-9 09:18:33 | 只看该作者 Only view this author
QJW 发表于 2025-6-8 20:34
辛苦老师!还有个问题,对于反应可能的过渡态和中间体怎么讨论呢,哪怕前后都构象搜索了,中间可能的中间 ...

一般根据化学常识,自行穷举所有可能的中间体和过渡态。其中不重要的基团的构象可以用构象搜索来产生,但是过渡态需要断哪根键、成哪根键是需要人工确定的。
如果连过渡态的大致样子都不知道,但反应物和产物是已知的,那么用NEB找过渡态,找到了再做构象搜索。
如果不仅不知道过渡态,反应物和产物有至少一个也是不知道的,那么需要用自动搜索反应路径的方法(可以查Markus Reiher的文章),但极为耗时
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-6-9 15:59:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-9 09:18
一般根据化学常识,自行穷举所有可能的中间体和过渡态。其中不重要的基团的构象可以用构象搜索来产生,但 ...

辛苦老师,还有个疑问,一个多步反应直接用NEB发现计算不了是我的参数问题还是用法问题?

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发表于 Post on 2025-6-9 16:46:33 | 只看该作者 Only view this author
QJW 发表于 2025-6-9 15:59
辛苦老师,还有个疑问,一个多步反应直接用NEB发现计算不了是我的参数问题还是用法问题?

”计算不了“这个范围太宽泛,必须上传你的完整输出文件和stderr输出(光给几行报错信息是不够的),才能讨论原因
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发表于 Post on 2025-6-10 00:25:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-9 16:46
”计算不了“这个范围太宽泛,必须上传你的完整输出文件和stderr输出(光给几行报错信息是不够的),才能 ...

好的老师,我又看了一些,IRC和NEB是一个效果吗,高斯好像不能NEB,辛苦老师!

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发表于 Post on 2025-6-10 08:21:40 | 只看该作者 Only view this author
QJW 发表于 2025-6-10 00:25
好的老师,我又看了一些,IRC和NEB是一个效果吗,高斯好像不能NEB,辛苦老师!

IRC是已经知道过渡态的情况下找反应路径,NEB是不知道过渡态的时候同时找到过渡态和反应路径。
高斯不支持就用ORCA,等审稿人叫你补NEB计算的时候就知道了,你不能以高斯不支持为理由不用,因为ORCA是免费的
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发表于 Post on 2025-6-10 15:02:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-10 08:21
IRC是已经知道过渡态的情况下找反应路径,NEB是不知道过渡态的时候同时找到过渡态和反应路径。
高斯不支 ...

谢谢老师,有什么办法通过一个稳定态去找他相邻的过渡态吗

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发表于 Post on 2025-6-10 15:53:42 | 只看该作者 Only view this author
QJW 发表于 2025-6-10 15:02
谢谢老师,有什么办法通过一个稳定态去找他相邻的过渡态吗

我已经说了,可以去搜Markus Reiher的文章
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发表于 Post on 2025-6-10 16:34:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-10 15:53
我已经说了,可以去搜Markus Reiher的文章

谢谢老师!我懂了!

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