计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 843|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[吐槽] 知乎上的错误教程。无力吐槽。

[复制链接 Copy URL]

326

帖子

3

威望

1752

eV
积分
2138

Level 5 (御坂)

本帖最后由 Stardust0831 于 2025-4-29 21:09 编辑

首先声明利益相关,我和小马同学有合作关系,他自己文章的计算和他接到的一部分代算单子都是由我实际完成计算的。他教程我之前并未关注,但似乎误导了一些还没有找到组织的萌新,发帖来指出一些现有的错误,应该还有海量的错误在他的其他帖子里,我没有精力一一指出了,交给有兴趣的坛友来捉虫。

前情提要是,在帖子《无偿指导新手做量化,最终被当成了免费answer》中,某研究生回复坛友PLwang“我只会用知乎上小马同学教的算静电势,你发的我也看不懂啊”

而这位似乎在小白中很有影响力的小马同学,教程全是硬伤。以他的帖子《结合能与吸附能的区别?高斯计算结合能教程来啦! - 知乎为例:

他强行给结合能和吸附能做区分。
而实际情况是“吸附能本质就是结合能,只不过前者是后者在特定语境下的称呼,适用于描述一个相对较小的东西结合到一个相对较大的东西上的情况。”,见(http://sobereva.com/733

他教学吸附能计算的时候理论方法不统一(一会HF算能量,一会又变成了B3LYP)、B3LYP算弱相互作用不加色散矫正、算Pb2+离子却把体系设置成了电中性,对Pb使用精度已过时的LANL2DZ,对电中性体系的结构优化任务盲目加弥散函数。

附图:




评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +4 收起 理由
Reason
freesia + 4 谢谢

查看全部评分 View all ratings

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120101

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-4-29 22:32:37 | 只看该作者 Only view this author
此外,eps、epsinf后面没法用冒号,我实测出错。并且图1里Lanl2DZ后面不能空两行(而只能空一行),否则后面的eps设置根本不会读进去(依然会用默认的水的溶剂信息)。

这样AI写作质量的误人子弟严重的教程要是发到本论坛,我大概率直接删帖了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

887

帖子

3

威望

1669

eV
积分
2616

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

3#
发表于 Post on 2025-4-30 17:09:49 | 只看该作者 Only view this author
又双叒叕把溶液中的铅离子当裸露单原子来处理了……我在这帖曾经说“‘吸附能’这词有一点不好”等等,现在看来“结合能”这词也有同样的误解。不过对于DMF:DMSO=4:1的混合溶剂,要做溶剂与铅离子配合物的团簇构型搜索确实稍微复杂点。从软硬酸碱理论来看,估计配合Pb2+最合适的是DMSO的硫,但是DMSO和DMF也都可能用氧配位。

现在能看到此人写的另一篇利用高斯软件计算荧光和磷光的教程也得聊聊,一上来构建的2PACz结构就因为氮原子多了个氢而变成电荷0自旋多重度2,所幸后面算不动放弃了()我倒想确认一下隐式溶剂模型的问题,看SMD原文J. Phys. Chem. B 2009, 113, 18, 6378–6396可知其拟合数据是大量实验溶解自由能,那么在TD-DFT算激发态和相应光谱时还用SMD是不是不太合理?

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
Serious + 1 谢谢分享

查看全部评分 View all ratings

√546=23.36664289109

1万

帖子

0

威望

8983

eV
积分
20731

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2025-5-1 11:30:55 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-30 17:09
又双叒叕把溶液中的铅离子当裸露单原子来处理了……我在这帖曾经说“‘吸附能’这词有一点不好”等等,现在 ...

可以这样理解:
假如SMD不仅能算准基态溶解自由能,还能算准激发态溶解自由能(也就是气相里的溶质激发态和溶液里的溶质激发态的自由能差),那么SMD搭配一个能算准气相激发能的电子结构方法,必然能算准溶液相激发能。
那么问题就是,SMD拟合时只用了基态的实验溶解自由能,会不会导致算激发态溶解自由能不准?我个人觉得有可能,但也基本没有能算得更准的溶剂模型了,因为激发态溶解自由能的实验数据过于匮乏。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +8 收起 理由
Reason
Stardust0831 + 5 谢谢王老师的指导~
Serious + 3 谢谢分享

查看全部评分 View all ratings

Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 22:16 , Processed in 0.242144 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list