Error termination in NtrErr: NtrErr called from FIOCnC.

895654511

dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    40 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =    15407616 FType=2 FMxFil=10000

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Wr Pntr      14104928       7215489       7200890         22975       4116020       3939190
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Wr Pntr       8516330       8516693       4121643       8518076       8518682      11494216
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                   defal = T LstWrd =       67072 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
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End1            67072
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Length          46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FIOCnC.

895654511

gif上传了麻烦老师看看为什么报错

Uus/pMeC6H4-/キ

从结构和关键词看，这个计算试图在B3LYP/def2-SVP级别下优化一段碱基序列CAA的单链RNA与Ag3团簇的101个原子的络合物，并做振动分析获得拉曼光谱。这个模型的化学合理性存疑（包括但不限于Ag3团簇的来源、RNA链的构象和质子化状态、二者结合的位点等）、计算设置也有漏洞（包括但不限于B3LYP未加色散校正、仅给1500 MB内存不足以处理这个尺寸的体系的振动分析等）。因此当前需要更深入的讨论而不能仅解决表面的Gaussian报错。待研究体系的真实组成如何（比如RNA链是否更长，Ag是否是固相表面，二者的络合物是否在溶液环境中等），当前计算资源如何（比如计算机的系统、CPU和内存、Gaussian的具体版本），计算目的如何，这些细节都需要补充交代。

895654511

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-29 22:27
从结构和关键词看，这个计算试图在B3LYP/def2-SVP级别下优化一段碱基序列CAA的单链RNA与Ag3团簇的101个原子 ...

CPU是 AMD Ryzen 7 8845H w/ Radeon 780M Graphics   3.80 GHz
RAM是16.0 GB (13.8 GB 可用)
Gaussianview版本是5.0

895654511

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-29 22:27
从结构和关键词看，这个计算试图在B3LYP/def2-SVP级别下优化一段碱基序列CAA的单链RNA与Ag3团簇的101个原子 ...

我的目的是想用银团簇对CAA进行拉曼增强，二者结合点位是之前进行优化时生成的

sobereva

895654511 发表于 2025-4-29 21:51
gif上传了麻烦老师看看为什么报错

那叫gjf
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
并且能一个回帖里交代完的事情就不要分成两个回帖


当前没完整输出文件没法判断。大概率是内存给得太少，或者Windows 32bit版Gaussian的限制。人家问的是Gaussian版本而非GaussView，不要答非所问。
不要用Windows 32bit版Gaussian算这个，看下文相关文字
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）


就试图用三个Ag来描述Ag表面吸附毫无意义。参考北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）里下图了解该用什么簇模型

Uus/pMeC6H4-/キ

895654511 发表于 2025-4-29 22:43
我的目的是想用银团簇对CAA进行拉曼增强，二者结合点位是之前进行优化时生成的

表面增强拉曼光谱（SERS）技术涉及分子在固体表面的吸附，正确的处理要么用第一性原理软件（如CP2K等）做周期性体系计算，要么用量子化学软件构建簇模型当孤立体系处理，参考http://sobereva.com/540的讨论。当前的Ag3团簇尺寸过小，不能合理表现金属银的表面环境。此外鉴于RNA短链柔性明显且有多个配位原子，必须考虑多种可能的吸附构象。

我上面问的是计算用的Gaussian版本，不是建模用的GaussView版本，前者明显比后者更重要。当前电脑的CPU和内存不太够这么大体系计算用的，建议争取条件换更好的计算机及更新的软件。

895654511

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-29 23:44
表面增强拉曼光谱（SERS）技术涉及分子在固体表面的吸附，正确的处理要么用第一性原理软件（如CP2K等）做 ...

谢谢老师我学习一下如何构建簇模型

895654511

sobereva 发表于 2025-4-29 23:39
那叫gjf
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置 ...

感谢sob提醒我第一次使用不太清楚