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[Multiwfn使用咨询] 关于使用Multiwfn做什么可以表征自由基活性高低的咨询?

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发表于 2017-3-16 17:02:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师请问,用Multiwfn做静电势图,看各个位点的静电势可以表征出一个自由基活性的高低吗?图中将羟基上的H脱除形成苯氧自由基,是否可以认为O处的静电势越负表明活性越强?

3,4-二氯苯酚

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发表于 2017-3-16 23:43:49 | 显示全部楼层
没有前提的话光从静电势上不好说
得结合具体问题、发生什么反应之类,这样才能判断静电势分析是否有用
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发表于 2017-3-17 09:01:35 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-3-16 23:43
没有前提的话光从静电势上不好说
得结合具体问题、发生什么反应之类,这样才能判断静电势分析是否有用

老师,借助楼主的问题,我也想问一下,自由基的spin density是比较的Multiwfn么?如果要看一个分子里某个基团的spin density 又应该怎么看呢

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 楼主| 发表于 2017-3-17 09:19:11 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-3-16 23:43
没有前提的话光从静电势上不好说
得结合具体问题、发生什么反应之类,这样才能判断静电势分析是否有用

谢谢老师的回复。昨天看到一篇文献,用H原子或者·OH和溴酚反应,脱除羟基上的H,形成溴酚氧自由基。因为图中Br的取代位置和个数不同,所以请问老师这三个结构脱除羟基上的H的难易程度是不是可以用电子密度分布来分析?看取代基位置和个数对电子密度造成的影响来分析O-H键的强弱?

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发表于 2017-3-18 00:10:51 | 显示全部楼层
风玲儿 发表于 2017-3-17 09:01
老师,借助楼主的问题,我也想问一下,自由基的spin density是比较的Multiwfn么?如果要看一个分子里某个 ...

谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353

按照此文,计算原子的自旋布居,把片段里原子的值加和就是片段的自旋布居

要搞清楚自旋布居和自旋密度的差异,你的用词是错误的
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发表于 2017-3-18 00:19:58 | 显示全部楼层
ltotorosy 发表于 2017-3-17 09:19
谢谢老师的回复。昨天看到一篇文献,用H原子或者·OH和溴酚反应,脱除羟基上的H,形成溴酚氧自由基。因为 ...

关键是O-H键强的问题。可以考察三种情况对O-H键级的影响,或者考察O-H键中间的键临界点处的电子密度数值,从而考察三种情况O-H键的强度
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 楼主| 发表于 2017-3-18 09:24:29 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-3-18 00:19
关键是O-H键强的问题。可以考察三种情况对O-H键级的影响,或者考察O-H键中间的键临界点处的电子密度数值 ...

谢谢sob老师的指导。

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发表于 2017-3-20 15:59:59 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-3-18 00:19
关键是O-H键强的问题。可以考察三种情况对O-H键级的影响,或者考察O-H键中间的键临界点处的电子密度数值 ...

老师您好,我想用multiwfn计算spin density 结果总是显示cannot not found, input again错误信息

提示

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发表于 2017-3-20 16:07:40 | 显示全部楼层
风玲儿 发表于 2017-3-20 15:59
老师您好,我想用multiwfn计算spin density 结果总是显示cannot not found, input again错误信息

路径没写对
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
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发表于 2017-3-20 16:12:03 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-3-18 00:19
关键是O-H键强的问题。可以考察三种情况对O-H键级的影响,或者考察O-H键中间的键临界点处的电子密度数值 ...

老师还有一个就是我用高斯得到的输出文件中的spin densities 只有一列,那么这些是不是spin density呢

spin density

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发表于 2017-3-20 16:24:45 | 显示全部楼层
风玲儿 发表于 2017-3-20 16:12
老师还有一个就是我用高斯得到的输出文件中的spin densities 只有一列,那么这些是不是spin density呢

这叫自旋布居
在“谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算”中特意强调了
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发表于 2017-3-20 16:53:05 | 显示全部楼层
风玲儿 发表于 2017-3-20 15:59
老师您好,我想用multiwfn计算spin density 结果总是显示cannot not found, input again错误信息

老师,这些原子的自选布局之和是不是就这个基团的自选密度吗,比如说这个C6H5 自由基的spin density就是1

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发表于 2017-3-21 01:32:38 | 显示全部楼层
风玲儿 发表于 2017-3-20 16:53
老师,这些原子的自选布局之和是不是就这个基团的自选密度吗,比如说这个C6H5 自由基的spin density就是1 ...

自旋密度是三维函数,每个空间位置有一个数值,怎么能说自旋布居之和是自旋密度?完全错误!
仔细看此文理解
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发表于 2017-3-21 09:52:45 | 显示全部楼层
文献中提到的这些又是怎么来的呢
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发表于 2017-3-21 14:38:04 | 显示全部楼层
风玲儿 发表于 2017-3-21 09:52
文献中提到的这些又是怎么来的呢

取spin_pop那一列的值,就是原子自旋布居,把苯上所有原子自旋布居加和就是苯的自旋布居
此文作者是个初学者,没分清楚什么叫自旋密度和自旋布居。
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