计算二元水醇溶液体系的相互作用能符号与现实情况相悖该怎么解决

Pekky · 发表于 Post on 2025-5-9 10:55:57

本帖最后由 Pekky 于 2025-5-9 10:52 编辑

老师好，我的体系是水与正丁醇二元溶液，想做的是温度变化导致的相融合与相分离机理。水分子用的是spce模型，醇分子用的GAFF力场，电荷用的RESP2计算方法。盒子是packmol建的5nm立方盒子，装有3000个水分子与200个醇分子。使用版本为gmx2020.6，模拟的步骤是能量最小化，NPT预平衡5ns，md50ns，md结束以后rerun计算水醇相互作用能(附上了模拟以及rerun的mdp文件)，现在得到了体系时间平均的相互作用能，发现水分子与水分子之间的范德华能以及醇分子与醇分子之间的静电能为正值不符合现实情况（应该为负值表现为吸引力），请各位老师指导一下哪些步骤存在问题。

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-9 17:01:48

之前本论坛里我就说过，cutoff_scheme = verlet时得到的组间相互作用能可能不正确，论坛首页全文搜索框搜我以前的回答

Pekky · 发表于 Post on 2025-5-10 13:51:22

本帖最后由 Pekky 于 2025-5-10 14:36 编辑

sobereva 发表于 2025-5-9 17:01
之前本论坛里我就说过，cutoff_scheme = verlet时得到的组间相互作用能可能不正确，论坛首页全文搜索框搜我 ...

好的谢谢老师解答，我这里还有几个问题想向老师请教一下：
1.这个是之前您回答过的cutoff_scheme=verlet的bug导致的嘛，我现在的GROMACS版本为2020.6，试过了group但不支持，需要换成以前的版本嘛
2.我这个模拟是从低温到高温取5-6个温度点计算，从模拟结果提取径向分布函数，相互作用能以及分析氢键强度等等数据可以说明温度变化导致二元溶液从多相到单相的变化机理吗，不能的话，正确的模拟该是怎样的呢

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-10 16:20:46

Pekky 发表于 2025-5-10 13:51
好的谢谢老师解答，我这里还有几个问题想向老师请教一下：
1.这个是之前您回答过的cutoff_scheme=verlet ...

1 是。换之前版本做rerun

2 能

Pekky · 发表于 Post on 2025-5-10 17:40:51

sobereva 发表于 2025-5-10 16:20
1 是。换之前版本做rerun

2 能

好的，感谢社长指导

Pekky · 发表于 Post on 2025-5-11 12:35:16

本帖最后由 Pekky 于 2025-5-12 14:10 编辑

Pekky 发表于 2025-5-10 17:40
好的，感谢社长指导

老师您好，很抱歉再接着打扰您。我将GROMACS版本换为2019版本后使用cutoff_scheme=group计算了一个常温工况温度下的结果，依旧显示水分子与水分子之间的范德华能以及醇分子以及醇分子之间的静电能为正值也不太正确，而且我从低温和高温下的整体平均的相互作用能来看，预期的情况是温度升高以后水分子和醇分子自身分子之间的相互作用减弱，水分子与醇分子之间的相互作用增强，从我得到的数据也没有体现的十分明显，会是模拟的哪个部分出了问题呢，麻烦老师再帮我看看

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