求助：轨迹查看发现溶剂分布不均匀

watermelon_ · 发表于 Post on 2025-5-9 11:58:16

使用的结构和运行文件来自amber官网：https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial13/index.php
运行md的过程正常

查看轨迹的指令是：vmd -parm7 RAMP1_ion.prmtop -netcdf 6md.rst7
但是轨迹怎么怪怪的
溶剂分布不太均匀
我不太了解amber
然后看了下初始结构是这样的

是不是因为查看的时候没有设pbc还是要怎么设置呢qaq

18217265596 · 发表于 Post on 2025-5-9 12:19:26

这更像是你跑的时候没设pbc

student0618 · 发表于 Post on 2025-5-9 12:52:01

Amber的話要处理轨迹的周期性边界
用cpptraj中的autoimage

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[Amber] 求助：轨迹查看发现溶剂分布不均匀

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