求助羟基自由基攻击有机分子，搜索过渡态

Jiangkunzhe · 发表于 Post on 2025-5-9 14:32:12

我们老师让我探究羟基自由基与这个分子（桃叶珊瑚苷）结合的反应机理，目前知道的是羟基自由基可以和羟基中的氢原子结合生成水，可以搜索到过渡态，但却用IRC验证失败。其次，我还猜想可能会攻击环上的碳碳单键、碳碳双键、碳氧单键以及中间的糖苷键，但目前我只成功找到三个能用IRC验证的过渡态。求高人指点..我不是计算化学专业，联培入坑了。拜托大家啦

Loading0760 · 发表于 Post on 2025-5-9 15:16:43

IRC验证失败是什么意思，反应路径不对？找到过渡态的时候先检查一下过渡态的振动频率对不对。
你的问题是什么，我没太看懂你这个提问的目的，是有的反应的过渡态没找到，还是找到了不对。还有你找过渡态的细节我也不清楚，例如泛函基组，还有单自由基电荷和自旋多重度的设置，这些细节都没说清楚。

Jiangkunzhe · 发表于 Post on 2025-5-9 20:43:41

感谢回复。emmm就是要么过渡态288要么振动频率对，但是IRC变成这样

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-5-10 01:53:16

本帖最后由 Stardust0831 于 2025-5-10 01:55 编辑

“ 但是IRC变成这样”是变成了什么样呢？正常的IRC也有可能接近现在的情况。还是说，是轨迹折返了么？

如果是折返问题，可以看看这个《在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题》（http://sobereva.com/400）

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