对于过渡金属催化体系反应的能量计算问题

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各位老师好，学生有个问题想问下，使用gaussian计算的过渡金属催化反应，涉及到催化剂，底物，水（既作为溶剂，也参与了反应），我将这三个分子放在同一个gjf文件一起优化，互相拉开避免配位或其他相互作用力，将这三个分子的总能量作为零势能面，这样可取吗？

tonganlhy

你这个显然要分开优化，加和作为总能量即可。放在一起优化有时候很难避免相互作用，还会使优化时间变长。

David_R

我曾尝试过几次类似的方法，并将其与分别计算分离物质并加总能量的传统方法进行比较。两种方法的结果大致相同。不过，我不能确定这是否适用于更广泛的情况，而且我通常不以这种方式进行计算；这对我来说只是一个好奇点。

除非您有特殊原因需要以这种方式进行计算，否则我不建议这样做。通常的做法是分别计算各种物质然后加总能量贡献（审稿人2无疑会指出这一点！）。如果您需要计算催化剂、底物和溶剂的多种组合（可能是两种、三种或四种溶剂分子？），那么这种方法处理该项目效率相当低，因为您将不得不重复计算相同的底物或溶剂分子。此外，如果您想进行任何下游分析来解释您的结果，由于基态结构包含所有组成分子，这可能会变得复杂。

Uus/pMeC6H4-/キ

把多个反应物当单一体系来计算热力学量会低估平动熵部分的熵罚，参考Organometallics 2018, 37, 19, 3228–3239的讨论。

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感谢各位老师的回答，就不一一回复了，学生重新进行考虑