在gromacs中计算乙腈的扩散系数与文献差距较大

ljc2877437407 · 发表于 Post on 2025-5-12 16:16:27

本帖最后由 ljc2877437407 于 2025-5-12 16:18 编辑

大家好，我在gromacs计算乙腈的扩散系数与这篇文献相差较大[url=DOI https://doi.org/10.1039/F19827802233]，文献中在298K下是4.3×10-9m^2/s左右，我在模拟中得到的是1.4970 (+/- 0.0278) (1e-5 cm^2/s)，想请教一下，我的计算设置在哪里出现了问题了呀，我用的GAFF力场，resp电荷，先在NPT下跑平衡后得到NPT.gro文件，然后在NVT计算MSD得到扩散系数，我的计算文件如下，里面有NPT.gro、NVT.mdp、msd.xvg、yij.top

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-12 20:53:01

谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

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[GROMACS] 在gromacs中计算乙腈的扩散系数与文献差距较大

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