求助：对反胶束进行拉伸模拟设置的拉伸的分子个数与实际不一致的问题

xliu97 · 发表于 Post on 2025-5-13 01:39:13

本人对一个由6个相同的表活剂分子（AOT）组成的反胶束进行拉伸模拟。溶剂是二氧化碳和乙醇组成的体系，模拟前在NPT进行了平衡。初步设定其中4个施加位置约束，另外两个可以被拉伸，期望产生反应坐标来进行后续的PMF计算。但是把拉伸模拟的轨迹用VMD可视化发现只有一个表活剂被拉伸远离，另外一个与其余4个被位置约束的分子依然结合在一起。关于约束组和拉伸组的设置是使用索引文件进行的，将拉伸或者约束的分子的编号保存在不同组里，然后在pull.mdp中引用。
下面是我的一些输入文件，以及VMD的截图。

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pull.mdp (2.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

AOT_base.itp (22.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

AOT_posre.itp (2.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

Na_base.itp (174 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

Na_posre.itp (143 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

我首先是不是我的文件设置哪里有问题，导致本来设定位置约束4个但是约束了5个，或者设定拉伸两个其实拉伸了一个，但是没能自己检查出来，希望各位老师帮忙指点。
如果不是文件设置问题，那可能的解释是什么呢？我之前也问过某生成式AI，它解释是说我的两个拉伸组的表活剂之间是非键相互作用，拉伸的时候是拉伸这两个的质心，很有可能导致其中一个被拉走，另一个不动。
如果我还是想实现拉伸两个AOT，那么输入文件如何设置呢？

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