[GROMACS] 求助：如何基于VMD FFTK生成的par和psf文件进行后续Gromacs分子动力学模拟

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Benyuan

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发表于 Post on 2025-5-13 10:54:06 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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各位前辈好，我刚刚接触gromacs，还在学习过程中。
我最近在对小分子配体利用CGenFF网站得到str文件后，发现罚分高达数百，因此开始基于VMD插件FFTK以及Gaussian16进行优化，最后得到更新后的psf和par文件，在此过程中有以下三点疑问（1）在FFTK 键角、二面角优化时，我想选择性地优化罚分项，这一操作是否合理？（2）str中对二面角的表达形式是 CG2RC0 CG2R61 CG331 HGA3，在FFTK中是序号(32 36 76 89) ，有没有办法简便地得到这两种二面角之间的对应关系，方便后续选择性优化？（3）fftk优化得到的是pdb、psf和par文件，后续应该如何进行合理处理以获得可用于gromacs模拟的文件？希望各位前辈不吝赐教~

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