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[GROMACS] 求助:生成环肽拓扑文件的选择问题

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我想利用Gromacs观察环肽在不同溶剂下的构象。因为结构文件中没有区分残基名称且gromacs版本低不识别环状肽,故未用pdb2gmx生成拓扑文件,而是利用LigParGen生成了环肽的拓扑文件,想求助各位老师,这种情况下力场OPLS对环肽行为的描述是否准确?还有,传统MD能否通过增长模拟时间或加大温度看到尽可能多的构象(如肽键的顺反异构)?感谢老师解答。

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发表于 Post on 2025-5-13 22:37:55 | 只看该作者 Only view this author
sobtop你值得拥有
愿艾欧尼亚之灵指引你。

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发表于 Post on 2025-5-14 00:36:35 | 只看该作者 Only view this author
要么把残基名、原子名都弄标准,用pdb2gmx产生拓扑文件,要么用sobtop直接产生基于AMBER力场的拓扑文件。OPLS-AA描述蛋白质没什么特别的好处。

能否有顺反异构出现取决于拓扑文件怎么弄的,如果肽键都有improper项以谐振势维持平面性,再高的温度也不可能顺反异构。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-14 09:57:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-14 00:36
要么把残基名、原子名都弄标准,用pdb2gmx产生拓扑文件,要么用sobtop直接产生基于AMBER力场的拓扑文件。OP ...

那么请问老师,是构成肽键的improper项该删掉?还是说只要涉及alpha-C、羧基碳、N的improper项就删掉?

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发表于 Post on 2025-5-14 20:05:35 | 只看该作者 Only view this author
oillio 发表于 2025-5-14 09:57
那么请问老师,是构成肽键的improper项该删掉?还是说只要涉及alpha-C、羧基碳、N的improper项就删掉?

搞清楚各个improper项对应哪些原子,只删该删的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-2 14:58:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-14 00:36
要么把残基名、原子名都弄标准,用pdb2gmx产生拓扑文件,要么用sobtop直接产生基于AMBER力场的拓扑文件。OP ...

老师,请问用sobtop产生了基于amber力场的拓扑文件后,电荷又该如何得到呢?利用Multiwfn算出的RESP电荷可以吗?

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发表于 Post on 2025-7-2 17:01:27 | 只看该作者 Only view this author
如果这个环肽不太大(不超过1000个原子)的话,可以考虑直接用xtb跑gfn-ff。

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发表于 Post on 2025-7-3 03:58:47 | 只看该作者 Only view this author
oillio 发表于 2025-7-2 14:58
老师,请问用sobtop产生了基于amber力场的拓扑文件后,电荷又该如何得到呢?利用Multiwfn算出的RESP电荷 ...

环肽不是很大、因而DFT计算、RESP电荷算得动的情况可以。如果太大,建议你还是把结构文件里的残基名、残基号、原子名弄正确,然后用pdb2gmx
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