关于使用ORCA 6.0.0的GOAT模块进行多核计算时只有1个核心在运作的问题

895098540wkw · 发表于 Post on 2025-6-13 16:05:33

wzkchem5 发表于 2025-6-13 09:27
确实需要这么做。不过与其优化前N个，不如先都算一遍DFT单点能，然后优化能量比最低能量构象高x kcal/mol ...

我计算的是有机小分子的堆积，我看了一下，大概有一百个堆积结构，需要都先算一下单点能吗？然后选出10或者5 kcal/mol的分子再去做opt和freq，最后在选出最优构型吗？另外，opt之后也是看单点能确定哪个是最优构型吧？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-6-14 08:14:15

895098540wkw 发表于 2025-6-13 16:05
我计算的是有机小分子的堆积，我看了一下，大概有一百个堆积结构，需要都先算一下单点能吗？然后选出10或 ...

需要。如果你能算得动10个结构优化，那必然算得动100个单点能
opt之后可以用更高级别的单点能了，比如DLPNO-CCSD(T)的单点能

QJW · 发表于 Post on 2025-7-26 00:33:20

wzkchem5 发表于 2025-6-12 15:55
你是直接调用的orca可执行文件，还是用一个脚本调用的？
如果是后者，这个脚本是把输入文件拷到另一个目 ...

老师您好，能请教您个问题吗，我用GOAT（没有后缀）模块通过XTB立场进行构象搜索后，对于每个步骤的中间产物只得出几个构象，其中还有结构非常相似的，请问这种情况正常吗？下一步是对于每个构象都优化一遍还是想办法扩大搜索范围啊？辛苦老师！

QJW · 发表于 Post on 2025-7-26 00:35:18

wzkchem5 发表于 2025-6-13 09:27
确实需要这么做。不过与其优化前N个，不如先都算一遍DFT单点能，然后优化能量比最低能量构象高x kcal/mol ...

还有看到最优构象这个问题，如果是想计算反应自由能，是只用最优构象进行计算还是先算分布然后计算所有可能的反应自由能呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-26 14:04:00

QJW 发表于 2025-7-26 00:33
老师您好，能请教您个问题吗，我用GOAT（没有后缀）模块通过XTB立场进行构象搜索后，对于每个步骤的中间 ...

正常
都优化一遍，然后去重，然后再做后续计算。只有在怀疑GOAT可能遗漏了重要构象的时候，才需要考虑扩大搜索范围。参见https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.5c05709?ref=PDF

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-26 14:05:41

QJW 发表于 2025-7-26 00:35
还有看到最优构象这个问题，如果是想计算反应自由能，是只用最优构象进行计算还是先算分布然后计算所有可 ...

视需要的精度和机时而定，机时富裕而需要的精度高（例如0.5 kcal/mol以内）就算所有自由能然后做Boltzmann平均，否则只取最低能量构象（或最低自由能构象）也行

QJW · 发表于 Post on 2025-7-26 17:05:50

wzkchem5 发表于 2025-7-26 14:05
视需要的精度和机时而定，机时富裕而需要的精度高（例如0.5 kcal/mol以内）就算所有自由能然后做Boltzman ...

还有个问题，有个计算并没有最终结果，goat是根据什么判断计算停止的呢？
辛苦老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-26 21:28:59

QJW 发表于 2025-7-26 17:05
还有个问题，有个计算并没有最终结果，goat是根据什么判断计算停止的呢？
辛苦老师

什么叫没有最终结果？输出文件的最后几十行是什么样的？orca进程结束了吗？

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