求助10个聚合物的自组装，溶剂是水，轨迹修复一直平动

milk_q · 发表于 Post on 2025-5-15 09:27:56

我的体系是10个聚合物的自组装，溶剂是水，初始分子是分散的，后面慢慢聚集在一起
NPT生产模拟后，修复轨迹
①gmx trjconv -s P6-D4_md.tpr -f P6-D4_md.xtc -o P6-D4_pbc.xtc -pbc mol
②gmx trjconv -s P6-D4_md.tpr -f P6-D4_pbc.xtc -o P6-D4_pbc+cluster.xtc -pbc cluster
https://pan.baidu.com/s/1Nhu-cbTKVqBWhDWoGYVtrQ?pwd=q7ht 提取码：q7ht，这里有我的结构文件和轨迹文件，P6-D4_md.xtc是初始轨迹，P6-D4_pbc+cluster使用pbc mol 和 pbc cluster处理后的轨迹，一直修复不好，文件有些大，麻烦大佬们帮忙看一下应该怎么修复

sarphuart · 发表于 Post on 2025-5-15 19:37:44

12G 的轨迹文件？

科研小白0126 · 发表于 Post on 2025-8-23 00:12:44

您好我想问一下就是这种大的有机分子该怎么构建他的聚合物的top和itp啊

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[GROMACS] 求助10个聚合物的自组装，溶剂是水，轨迹修复一直平动

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