求助，VMD中可以显示CYS残基和铁的共价结合吗？

卡卡-14 · 发表于 Post on 2025-5-19 23:49:25

各位老师好，我在做P450中间态CPD1的MD模拟，我确定在拓扑文件中已经将铁和CYS的硫之间设置了bond以及其它参数，其它的rtp之类的文件也设置好了，MD也可以正常模拟，但是在VMD中看却看不到【氧-铁-CYS】之间的键的连接，将“Drawing Method”全都选过一遍之后也没有看到。请问该如何显示？

Loading0760 · 发表于 Post on 2025-5-20 00:35:03

可视化软件的成键判断参考 http://sobereva.com/414
如果你单纯只是为了让你的图里，多一根化学键
参考社长的博客http://sobereva.com/534

如果两个原子间没有被判断为成键，但你希望让它们之间显示键，就选择Mouse - Add/Remove Bonds，然后点击这两个原子的正中心，它们就连上了。如果你点击两个已经成键的原子，它们之间的键就会被去掉。

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-20 06:30:56

如果按北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片说的做法，载入tpr文件，可以确保VMD里显示的成键关系和拓扑文件里的一致

另一种更麻烦一些的做法

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