请问一下有没有从高斯输出文件中提取几何信息的好的方法

caichen · 发表于 Post on 2025-5-22 11:31:02

各位老师同学大家好！我想请问一下有没有从高斯输出文件中提取几何信息的好的方法，比如键角之类的信息，因为我的输出文件比较多逐一提取比较困难，想请教一下各位老师同学，谢谢！

wal · 发表于 Post on 2025-5-22 11:49:48

随便找个AI 把你的问题告诉他让他给你写个python/shell脚本

18217265596 · 发表于 Post on 2025-5-22 12:36:50

这个gpt真能作。

Loading0760 · 发表于 Post on 2025-5-22 13:40:12

这个ai真能,我写过类似的.给你提供一个思路

gaussian的log文件转xyz坐标信息
从xyz中提取你关注的原子
根据原子的坐标计算键长键角二面角

第一步的话,有很多工具都可以实现,例如openbabel, Multiwfn, log2xyz.py
第二步的话,如果你那么多计算的文件原子顺序都是一样的,那就直接用python提取对应序号的原子,如果原子顺序不一样就有点麻烦了,我一般用xyz2graph转成图对象然后根据图特征提取
第三步的话,直接问ai都行,已知坐标求夹角.

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-23 07:00:05

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “高斯输出文件中的几何信息” 改了，以后务必注意

caichen · 发表于 Post on 2025-5-29 11:17:13

wal 发表于 2025-5-22 11:49
随便找个AI 把你的问题告诉他让他给你写个python/shell脚本

好的，谢谢您！

caichen · 发表于 Post on 2025-5-29 11:18:27

Loading0760 发表于 2025-5-22 13:40
这个ai真能,我写过类似的.给你提供一个思路

gaussian的log文件转xyz坐标信息

谢谢您的思路！我去试一下

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