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[GROMACS] 不同温度下水结冰的速率问题,温度下降结冰速率下降甚至一直不结冰

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Level 2 能力者

根据培训班讲义中的水结冰模拟教程,重新搭建一个左边是冰右边是水的盒子(图1),模拟温度260K时大概在30ns全部结冰完成如图2.
图1
图2(30ns)
后面我将模拟温度设置为220K时,跑了200ns才观察到右边有一点结晶(图3)
图3
为什么温度更低反而不结冰了

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2#
发表于 Post on 2025-5-22 21:26:50 | 只看该作者 Only view this author
温度太低的话,水分子运动极度缓慢,当然结冰更慢了。举个较为极端的例子,如果温度设置为100k,水已经瞬间冻住了,变成了无定形的冰,这时候就无法从vmd看到结冰的过程,能看到的也仅仅是水分子轻微动一下,根本不会排列成你预期冰的样子。

个人认为tip4pice模型针对冰点附近而已,220k或许已经不太合适了。
又菜又爱玩

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