(已解决)求助pdb2gmx报错the atom OC2 used in that entry is not found in the

wbqdssl · 发表于 Post on 2025-5-25 14:01:45

本帖最后由 wbqdssl 于 2025-5-25 15:35 编辑

各位老师好，我在使用这个命令处理一个蛋白时，有如图所示的报错。提示残基575有问题，但是我的蛋白文件里575不是GLN，是PRO啊，这个问题应该如何解决呢？

谢谢各位老师的帮助。下面压缩包是我使用的蛋白pdb文件。

1.zip (150.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

wbqdssl · 发表于 Post on 2025-5-25 15:34:43

问题已经解决了，pdb文件中有一个末端残基的原子名不对，原来是1OCT，要改成1OC。修改之后就可以正常跑了。

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[GROMACS] (已解决)求助pdb2gmx报错the atom OC2 used in that entry is not found in the