如何使用rdkit正确产生高斯坐标

Daniel_Arndt

sjkcn 发表于 2025-6-4 09:32
pip show rdkit
Name: rdkit
Version: 2024.9.6

之前有个搞高通量计算的人说过，实际操作中上了规模后，总有约5%~10%的比例会出问题。你要走通流程的话，相当一部分力气会花在处理异常情况上。

你可以直接把write_xyz_file这个函数修改成写高斯输入文件的函数。如果对python不是太熟悉的话，先让DeepSeek或Gemini来改，然后自己再对代码做出一些调整。

wxyhgk

这个根本就实现不了，除非你针对你自己特定的一系列物质做了优化，否则根本就是实现不了的事情。

稍微复杂一点的就不行了，例如含有刚性结构，链稍微长一点的就不行了

SMILES 本身就没有三维信息，上哪去生成坐标

sjkcn

wxyhgk 发表于 2025-6-4 10:17
这个根本就实现不了，除非你针对你自己特定的一系列物质做了优化，否则根本就是实现不了的事情。

稍微复 ...

smiles二维的，在chemdraw显示的很好，但是在转换成三维的过程中确实有不少问题，这个我承认。那么，我看到有文章先用rdkit reactions smarts 生成了新的smiles。然后进行计算。假如你单个的，还可以优化下，但是数据量一大就不行了。一个个检查，忙不过来的。刚性结构比如DBCO TCO这种大环。即便我smiles定义好了顺反要求，确实输出不好，这个我发现了。

wxyhgk

sjkcn 发表于 2025-6-4 10:36
smiles二维的，在chemdraw显示的很好，但是在转换成三维的过程中确实有不少问题，这个我承认。那么，我看 ...

chemdraw 是专门做了 SMILES 的优化的，你用开源的试试看？

文章里面的都是些简单东西，根本没有实际用处，我做工业化的，很清楚，我最近也在研究这些，他们这些都是扯淡

wal

sjkcn 发表于 2025-6-4 10:36
smiles二维的，在chemdraw显示的很好，但是在转换成三维的过程中确实有不少问题，这个我承认。那么，我看 ...

我室友做ML的 也是RDkit批量生成 听他说这种数据后面还要做清洗
我也没听太明白 听起来像是要用脚本来判断他想研究的特征结构有没有被力场胡搞 如果乱了就肃反掉

sjkcn

wal 发表于 2025-6-4 10:54
我室友做ML的 也是RDkit批量生成 听他说这种数据后面还要做清洗
我也没听太明白 听起来像是要用脚本来判 ...

我只希望用保守的方式生成，就可以了。至于forcefield那些设置啥的，我又不是专门做这块，我的目的只是希望计算能生成合适的坐标。基本的键长、二面角不太离谱就可以了

sjkcn

Daniel_Arndt 发表于 2025-6-4 10:12
之前有个搞高通量计算的人说过，实际操作中上了规模后，总有约5%~10%的比例会出问题。你要走通流程的话， ...

我已经做了很多次了。当时原先是想电荷和自旋多重度都要让代码跑，后面算了，自己手动确认，因为有些结构相似的，自己在文件命名中是清楚的。另外，代码上，我也用不同的GPT，感觉claude想的try except比较多。其他的不太行，deepseek经常你懂的问题。

sjkcn

wxyhgk 发表于 2025-6-4 10:45
chemdraw 是专门做了 SMILES 的优化的，你用开源的试试看？

文章里面的都是些简单东西，根本没有实际 ...

我是一个小白，那么就您的看法而言，现在用什么方法比较稳妥呢? 工业界是一般怎么做呢？

wal

sjkcn 发表于 2025-6-4 11:06
我只希望用保守的方式生成，就可以了。至于forcefield那些设置啥的，我又不是专门做这块，我的目的只是希 ...

用"只是"来形容一项极其复杂的任务并不能使其实际上变简单

wxyhgk

sjkcn 发表于 2025-6-4 11:10
我是一个小白，那么就您的看法而言，现在用什么方法比较稳妥呢? 工业界是一般怎么做呢？

目前没有解决办法，论文都是吹牛的，计算化学找个构象都得搞半天，你一个缺少三维信息的 SMILES 怎么可能成功？从原理上就搞不了好吧

sjkcn

wxyhgk 发表于 2025-6-4 21:02
目前没有解决办法，论文都是吹牛的，计算化学找个构象都得搞半天，你一个缺少三维信息的 SMILES 怎么可能 ...

既然这样，开发这种力场和算法的都是无用功咯。不是所有结构都有X-ray的表征。三维信息微观水平本身就是一个假想。基于现有的条件去算去解释，应该说搞了也不一定准。是这样吗？

Peng14

sjkcn 发表于 2025-6-4 11:06
我只希望用保守的方式生成，就可以了。至于forcefield那些设置啥的，我又不是专门做这块，我的目的只是希 ...

最近一直在做类似的事情，我目前的经验是：对于一些常见的有机化合物（成键方式没有太离谱，也不包含金属配位键之类的），可以用RDKit解析SMILES，生成包含包含原子三维坐标信息和键连关系的mol/mol2文件，再用xtb调用GFN-FF力场（避免键的断裂）进行快速的结构优化，同时也会输出优化后结构的mol文件，这时候的坐标、键长、二面角等参数基本是比较合理的

sjkcn

Peng14 发表于 2025-6-4 22:02
最近一直在做类似的事情，我目前的经验是：对于一些常见的有机化合物（成键方式没有太离谱，也不包含金属 ...

xtb我不是很熟悉，rdkit用的针对大环张力效果不是很好。我一直有一个疑问，对于力场优化。是不是类似药物小分子在受体的结合那种力的计算啊

wxyhgk

Peng14 发表于 2025-6-4 22:02
最近一直在做类似的事情，我目前的经验是：对于一些常见的有机化合物（成键方式没有太离谱，也不包含金属 ...

你这种都是些小分子/简单分子完全达不到工业化的标准，发论文吹吹牛还行，一用到实际就不行了

Uus/pMeC6H4-/キ

wxyhgk 发表于 2025-6-5 10:14
你这种都是些小分子/简单分子完全达不到工业化的标准，发论文吹吹牛还行，一用到实际就不行了

复读半天差不多得了，敢问可有哪怕半点建设性的、可重复的切实提议？工业化能赚钱就是清高就是了不起哦，指指点点这么多连搞简单小体系的科研努力都要否定（注意这不代表我就不反感学术界灌水的行为），除了逞口舌之快毫无意义（流汗黄豆）想反驳我随意，我不会浪费时间跟进的。