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[GROMACS] 求助gromacs计算带金属离子的蛋白,金属离子力场怎么配

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给位老师好!请问gromacs计算带金属离子的蛋白,金属离子力场怎么配?是按一般小分子处理吗?

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发表于 Post on 2025-5-30 22:24:17 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2025-5-30 22:57:49 | 只看该作者 Only view this author
问题不明确
先说清楚是什么金属。过渡金属和碱/碱土金属的处理有天壤之别。并且说明当前蛋白质用的什么力场
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-31 10:57:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-30 22:57
问题不明确
先说清楚是什么金属。过渡金属和碱/碱土金属的处理有天壤之别。并且说明当前蛋白质用的什么力 ...

sob老师你好,是同时含有Ca、Na、Zn三种金属的蛋白,还要小分子配体,蛋白质用amber99.ff力场

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-31 10:58:14 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢

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发表于 Post on 2025-5-31 12:40:12 | 只看该作者 Only view this author
username 发表于 2025-5-31 10:57
sob老师你好,是同时含有Ca、Na、Zn三种金属的蛋白,还要小分子配体,蛋白质用amber99.ff力场

前两者水模型自带 Zn如果成键就sobtop

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-31 15:43:11 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-5-31 12:40
前两者水模型自带 Zn如果成键就sobtop

好的,谢谢

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发表于 Post on 2025-7-4 20:28:35 | 只看该作者 Only view this author
你好,我也在做一个含锌离子的蛋白的复合物模拟,我想请教一下,使用sobtop的意思是将金属离子单独拿出来看做小分子生成立场吗?然后按照第二个小分子看待来进行后续模拟?

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发表于 Post on 2025-7-5 00:12:50 | 只看该作者 Only view this author
目的不同、体系不同,方法也不同。

最简单的Nonbonded model拿力场的ions参数也有,
不同配位数的Dummy stom model也有如tetrahedral zinc 的CaDA,
现成的bonded model 也有如tetrahedral zinc 的ZAFF
按需要自行建立的Bonded model也可能
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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