VMD 兩結構之間質心距離計算?

xroxzero

各位老師好

我現在用NAMD模擬蛋白質，用VMD看DCD檔。在我的系統中有兩團蛋白質A 和B

我已在網路上找到VMD可以計算質心位置，

請問在VMD裡可以將蛋白質A和蛋白質B的質心距離算出來並且隨著frames做圖嗎?  或著是將每張frames的質心座標output出來?

fhh2626

既然你都会找质心了，只要接着用vector计算就可以得到距离了
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9/ug/node189.html

sobereva

写个小脚本很容易。这是把某个选区的所有帧的质心坐标输出到VMD目录下COMxyz.txt的小脚本。脚本里的fragment 1应改为实际的选择语句

set result [open COMxyz.txt w]
set endfps [molinfo top get numframes]
set sel [atomselect top "fragment 1"]
for {set i 0} {$i<$endfps} {incr i 1} {
$sel frame $i
$sel update
set xyz [measure center $sel weight mass]
puts $result "$i $xyz"
}
close $result

xroxzero

感謝兩個老師的協助!!!!!!