求助，小分子上的中和离子应该怎么处理比较合适

zhouchen · 发表于 Post on 2025-6-4 16:59:04

大家好，我们有一个DNA中间嵌入两个小分子，如图，小分子中有一个氯离子作为中和离子。我们进行MD（用的GAFF立场）时发现氯离子会趋向进入溶液中，也就是说小分子没法吸附住氯离子。然而我们在DFT研究过程中发现，氯离子的位置很重要。要想得到氯离子的具体位置，请问大家有什么好办法吗？

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-4 17:20:21

分子动力学过程通常带着显式水模型，水与离子的亲合性很强，而且水又对静电作用有很强的屏蔽作用，自然Cl-很容易飘走，本来就是正常的事情

怎么考虑取决于实际目的

18217265596 · 发表于 Post on 2025-6-4 17:23:00

“我们在DFT研究过程中发现，氯离子的位置很重要” 你倒是说怎么重要

zhouchen · 发表于 Post on 2025-6-4 20:23:16

本帖最后由 zhouchen 于 2025-6-4 20:28 编辑

18217265596 发表于 2025-6-4 17:23
“我们在DFT研究过程中发现，氯离子的位置很重要” 你倒是说怎么重要

氯离子的不同位置会影响体系的能级分布，如果氯离子被小分子吸附，则homolumo对应都局域在小分子与氯离子上，如果氯离子进入溶液中，homo局域在碱基上，lumo局域在小分子上。体系的能级也会发生较大的变化。氯离子在小分子附近的结果是我们想要的，但是不知道怎么证明。file:///C:/Users/This%20is%20zhouchen/Desktop/%E5%9B%BE%E7%89%871.png

18217265596 · 发表于 Post on 2025-6-5 09:47:36

zhouchen 发表于 2025-6-4 20:23
氯离子的不同位置会影响体系的能级分布，如果氯离子被小分子吸附，则homolumo对应都局域在小分子与氯离子 ...

问题是氯离子真的会“被吸附”吗于溶液中

zhouchen · 发表于 Post on 2025-6-5 10:01:49

18217265596 发表于 2025-6-5 09:47
问题是氯离子真的会“被吸附”吗于溶液中

所以不知道具体怎么取氯离子的位置，sob老师不是说怎么考虑取决于实际目的吗

18217265596 · 发表于 Post on 2025-6-5 10:04:36

zhouchen 发表于 2025-6-5 10:01
所以不知道具体怎么取氯离子的位置，sob老师不是说怎么考虑取决于实际目的吗

首先要尊重事实

zhouchen · 发表于 Post on 2025-6-5 10:11:16

本帖最后由 zhouchen 于 2025-6-5 10:27 编辑

18217265596 发表于 2025-6-5 10:04
首先要尊重事实

其实我觉得这个氯离子进入溶液会更倾向于事实，那么进入溶液后氯离子的构象我应该怎么取呢？因为我们希望DNA整个体系进行计算的时候是电中性的，所以中和离子也需要考虑到DFT计算中。

imasen · 发表于 Post on 2025-6-5 13:23:37

zhouchen 发表于 2025-6-4 20:23
氯离子的不同位置会影响体系的能级分布，如果氯离子被小分子吸附，则homolumo对应都局域在小分子与氯离子 ...

你的阳离子碱基氯离子都是孤立的片段，各自都有相应的前线分子轨道。如果非要对比轨道能量高低，也应该比较孤立条件下和复合物状态下相应的三套前线分子轨道能量的变化。你现在对比的又不是同一条轨道。而且如果结合是有利的，体系能量会降低，相应分子轨道的能量肯定会有变化，没有看出来你的体系有什么特殊的，重要在哪里。

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