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[GROMACS] 多链结构的蛋白质+化合物进行分子动力学模拟;发现RMSD剧烈波动,查看轨迹肽链断裂

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本帖最后由 wula 于 2025-6-6 00:39 编辑

轨迹矫正指令如下:gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster -center -ur compact -n index.ndx

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_cluster.xtc -o md.xtc -pbc mol -center

MDP文件中已经去扭转;
comm-grps       = Protein; comm-mode       = Angular
查看轨迹文件发现多链结构破坏 发生断裂

202506050246027913..png (28.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

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发表于 Post on 2025-6-5 08:55:00 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的跨盒子问题。VMD里把盒子显示出来,认真看轨迹动画就知道怎么回事、轨迹修正对没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-6-5 13:46:14 | 只看该作者 Only view this author
pbc周期性问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-6 00:16:03 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我在vdm中肽链大部分状态都是断开的

202506060015129500..png (56.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

202506060015129500..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-6 00:25:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-5 08:55
老生常谈的跨盒子问题。VMD里把盒子显示出来,认真看轨迹动画就知道怎么回事、轨迹修正对没有

老师,有时还会有部分越过边界,这种情况应该怎么处理?

202506060026213156..png (67.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

202506060026213156..png

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发表于 Post on 2025-6-6 00:31:11 | 只看该作者 Only view this author
wula 发表于 2025-6-6 00:25
老师,有时还会有部分越过边界,这种情况应该怎么处理?

如果蛋白质一开始是在盒子中央,先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用nojump
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-6 00:39:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-6 00:31
如果蛋白质一开始是在盒子中央,先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用noju ...

sob老师是我填错了代码,我目前已更新我没有使用nojump

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-6 07:51:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-6 00:31
如果蛋白质一开始是在盒子中央,先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用noju ...

sob老师,是我发帖时填写错了 ,实际我的代码是如下:
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster -center -ur compact -n index.ndx

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_cluster.xtc -o md.xtc -pbc mol -center

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-10 16:12:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-6 00:31
如果蛋白质一开始是在盒子中央,先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用noju ...

sob老师,这种情况有什么好的解决办法?

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发表于 Post on 2025-7-30 11:26:22 | 只看该作者 Only view this author
wula 发表于 2025-6-10 16:12
sob老师,这种情况有什么好的解决办法?

解决了吗?我用了-pbc cluster 还是出现波动,老师您怎么解决的呢

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