使用CHARMM-GUi生成Gcenff小分子top后，如何提取itp与gro文件呢

hugromacs · 发表于 Post on 2025-6-8 23:17:50

麻烦各位指定一下，之前一直用acpype这样生成小分子的itp与gro文件。

CrysW555 · 发表于 Post on 2025-6-9 09:31:37

在charmm-gui生成的时候如果选择gromacs的话，运行MD所需的文件在gromacs那个文件夹中

13277552957 · 发表于 Post on 2025-6-9 19:47:58

在你所提供的GROMACS文件夹下面，有top信息，gro文件使用gmx editconf将pdb转为gro文件即可

hugromacs · 发表于 Post on 2025-6-10 15:38:35

13277552957 发表于 2025-6-9 19:47
在你所提供的GROMACS文件夹下面，有top信息，gro文件使用gmx editconf将pdb转为gro文件即可

佬，我这里面只有一个py文件呀，这是咋回事

hugromacs · 发表于 Post on 2025-6-10 15:39:08

13277552957 发表于 2025-6-9 19:47
在你所提供的GROMACS文件夹下面，有top信息，gro文件使用gmx editconf将pdb转为gro文件即可

psf2itp_ligrm.py，只有一个这玩意

hugromacs · 发表于 Post on 2025-6-10 15:39:41

CrysW555 发表于 2025-6-9 09:31
在charmm-gui生成的时候如果选择gromacs的话，运行MD所需的文件在gromacs那个文件夹中

我这个文件夹下面只有一个psf2itp_ligrm.py文件，兄弟这是啥情况呢

13277552957 · 发表于 Post on 2025-6-10 19:04:21

可能是你最后一步选择力场的时候，没有勾选gromacs选项

13277552957 · 发表于 Post on 2025-6-10 19:06:08

hugromacs 发表于 2025-6-10 15:38
佬，我这里面只有一个py文件呀，这是咋回事

charmmGUI最后一步没有勾选gromacs选项

hugromacs · 发表于 Post on 2025-6-11 15:42:09

现在确实有了，又说我的itp文件中缺少数据

hugromacs · 发表于 Post on 2025-6-11 15:43:11

13277552957 发表于 2025-6-10 19:06
charmmGUI最后一步没有勾选gromacs选项

佬，感谢你看看我新补的图，说我生成的itp中有问题，一共就是上传小分子、然后命名，然后就下载压缩文件了，不知道为啥还这么大问题

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