求助含有共价键结合血红素c的蛋白力场构建方法

qikongwanli · 发表于 Post on 2025-6-9 18:03:13

本人小白，求助各位大佬，可以提供思路

18217265596 · 发表于 Post on 2025-6-9 19:51:13

sobtop

qikongwanli · 发表于 Post on 2025-6-10 09:27:06

18217265596 发表于 2025-6-9 19:51
sobtop

sobtop处理完得到的分子构型跟原本比较有改变，丢失键，您知道咋回事吗

18217265596 · 发表于 Post on 2025-6-10 12:47:50

qikongwanli 发表于 2025-6-10 09:27
sobtop处理完得到的分子构型跟原本比较有改变，丢失键，您知道咋回事吗

传文件别发图。

qikongwanli · 发表于 Post on 2025-6-10 12:55:46

18217265596 发表于 2025-6-10 12:47
传文件别发图。

不好意思，麻烦您看下这个原始文件，谢谢

18217265596 · 发表于 Post on 2025-6-10 15:48:21

qikongwanli 发表于 2025-6-10 12:55
不好意思，麻烦您看下这个原始文件，谢谢

处理后的呢？

qikongwanli · 发表于 Post on 2025-6-10 16:16:31

18217265596 发表于 2025-6-10 15:48
处理后的呢？

您好，这是处理后生成的gro文件，铁原子与氮原子形成的横向配位键少了一个

18217265596 · 发表于 Post on 2025-6-10 19:07:52

qikongwanli 发表于 2025-6-10 16:16
您好，这是处理后生成的gro文件，铁原子与氮原子形成的横向配位键少了一个

虽然我不是gmx用户
但我问你
gro里记录键信息吗？

qikongwanli · 发表于 Post on 2025-6-11 09:18:43

18217265596 发表于 2025-6-10 19:07
虽然我不是gmx用户
但我问你
gro里记录键信息吗？

这句话问倒小白了

，之前没在意过，今天一看还真没有。
我看了下生成的sobtop生成的itp，铁原子的配位键不少

感谢

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[GROMACS] 求助含有共价键结合血红素c的蛋白力场构建方法