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[新手求助] 两个共轭自由基如何形成“二”形的二聚体?

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本帖最后由 18392667184 于 2025-6-11 15:20 编辑


如图所示,想要获得相同的两个共轭自由基的堆叠不成键的结构应该如何获得,图中左边的结构。我试过将两个环戊二烯自由基的结构(五元环),采用gaussian优化,会形成“”字形。采用sob老师的构象搜索,也会形成“”字形的机构。那么两个共轭自由基会形成“”字形的二聚体结构吗?如果会形成,应该如何获得这样的结构呢?

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发表于 Post on 2025-6-11 12:28:38 | 只看该作者 Only view this author
这张图是从哪篇文献里来的,对phenalenyl以及对环戊二烯基的计算级别如何?一个共轭/芳香自由基能否存在“仅pi-pi堆积而不成共价键的平行二聚体”这点应该看具体结构分析,对于尺寸很小且没有芳香性的环戊二烯自由基而言感觉偶联很合理。此外两个单自由基自旋平行、整体呈三重态的体系显然也比两个单自由基自旋相反、整体呈自旋极化单重态的体系要难偶联,所以有没有提供对称破缺初猜这种细节也是很关键的。别在汉字里塞奇怪的某度问答连接啊喂
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-6-11 12:29:02 | 只看该作者 Only view this author
在三重态下做构象搜索,肯定能得到这样结构的二聚体。然后改为开壳层单重态优化,看是否能保持不成C-C键
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-6-11 14:32:33 | 只看该作者 Only view this author
你是否在计算过程中正确考虑了开壳层单重态的可能性、是否检验并确保了波函数是稳定的?
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-11 15:17:44 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-11 12:28
这张图是从哪篇文献里来的,对phenalenyl以及对环戊二烯基的计算级别如何?一个共轭/芳香自由基能否存在“ ...

文献来自https://doi.org/10.1016/j.fuel.2020.118491。如果是这种大尺寸,带芳香性的呢,结构如图。实则我想获得如此结构的二聚体(不成键)应该怎么做,直接进行两个自由基的结构优化,该如何摆放呢?




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-11 15:18:16 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-11 12:29
在三重态下做构象搜索,肯定能得到这样结构的二聚体。然后改为开壳层单重态优化,看是否能保持不成C-C键

好的,谢谢王老师,我试试。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-11 15:19:51 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2025-6-11 14:32
你是否在计算过程中正确考虑了开壳层单重态的可能性、是否检验并确保了波函数是稳定的?

没有,结构优化我不知道怎么摆放,就是大概摆放算了一下,算出来是偶联的。

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