使用ABF方法计算蛋白质与聚合物之间的PMF，分窗口计算但PMF输出为0

abing · 发表于 Post on 2025-6-16 10:45:04

请教一下各位老师，我使用NAMD中ABF方法想计算蛋白质接近聚合物过程中的自由能变化。我也已经完成了SMD的计算，分多个窗口尝试计算PMF。每个窗口对应的win.in文件中的main 部分原子选择是蛋白质原子对应的index，ref 部分原子选择是聚合物原子对应的index，提交计算任务后PMF输出始终为0。具体的计算文件也附在文末了，请问有老师能指点一下是哪里设置不对吗。

win7.zip (1.64 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)

fhh2626 · 发表于 Post on 2025-6-17 12:06:42

你fullSamples 1000，也就是说每个bin中要跑1000步才会有开始施加偏置力，你可能跑的时间太短了。还有就是你初始距离在-15和-10之间吗？如果不在这个范围内，就需要等到体系跑到这个范围内才有值

abing · 发表于 Post on 2025-6-17 16:06:13

fhh2626 发表于 2025-6-17 12:06
你fullSamples 1000，也就是说每个bin中要跑1000步才会有开始施加偏置力，你可能跑的时间太短了。还有 ...

谢谢符老师，我已经找到问题了。我设置PMF计算方向设置了反向，导致区间范围错误了。现在已经改过来是可以正常计算的。

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