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[GROMACS] 请教,六方晶系材料如何添加溶剂?

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请教各位老师,我构建了一个30*30*1的TiC超胞,通过命令:
gmx solvate -cp TiC_30x30x1.pdb -cs spc216.gro -o solv.gro -p topol.top添加溶剂后,VMD可视化发现溶剂是立方系,和六方系的盒子不匹配,如下图所示:

①请问这样会对二维材料的周期性产生影响吗,能否进行后续模拟?
②如果操作不对,该如何正确的添加溶剂呢?

202506161242424771..png (207.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

202506161242424771..png

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2025-6-16 13:06:07 | 只看该作者 Only view this author
可以先将六方晶系材料的晶格矢量做线性组合,得到正交化的单胞再扩超胞、构建跑MD用的体系,正如我在此帖所说的。gmx solvate指令有个-box选项可以指定往多大的正交盒子里填充溶剂。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-16 16:28:14 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-16 13:06
可以先将六方晶系材料的晶格矢量做线性组合,得到正交化的单胞再扩超胞、构建跑MD用的体系,正如我在此帖所 ...

好的,谢谢Uus/pMeC6H4-/キ老师,我去学习一下您的帖子

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发表于 Post on 2025-6-16 19:24:53 | 只看该作者 Only view this author
可以用atomsk进行正交化处理,社长在其他帖子提到过用法:
http://bbs.keinsci.com/thread-21926-1-1.html

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发表于 Post on 2025-6-17 05:10:49 | 只看该作者 Only view this author
trjconv结合-pbc mol -ur tric转换结构文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-18 10:47:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-17 05:10
trjconv结合-pbc mol -ur tric转换结构文件

学到了,谢谢Sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-18 10:48:24 | 只看该作者 Only view this author
Abdurehim 发表于 2025-6-16 19:24
可以用atomsk进行正交化处理,社长在其他帖子提到过用法:
http://bbs.keinsci.com/thread-21926-1-1.html

好的,谢谢您,我去学习一下!

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