求助纳米酶催化计算如何处理底物和分子的关系

leixiaocui

学生是做纳米酶的，有很多东西很困惑。非常好奇计算部分是如何处理底物和分子的关系。比如氧化酶纳米材料，我把中间涉及的中间体*oo,*ooh,*oh,*o,这些能量算完了直接做能垒图吗？这其中的电子转移以及底物TMB,以及oTMB,这些能量如何处理呢？查阅纳米酶相关计算时，看到计算部分，贴图是材料及活性氧吸附在表面上，那底物分子呢？反应路径均写出TMB的参与，那计算贴图上却没有tmb这是如何考虑的呢?