计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 243|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] Gaussian09对一个200原子的体系进行限制性优化出现中断

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

43

eV
积分
50

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师,我在Gaussian09B.01的版本中想对一个200原子的体系(包含Pd,Cu,I,C,P,H)进行限制性优化(几何优化),所用到的泛函和基组分别是B3LYP,基组轻原子用6-31G*,Pd,Cu,I用SDD,因为从EXAFS的证据来看其键长为2.8埃左右,所以我在限制性优化设置中将Pd与I设为-1固定住并使其键长为2.8埃,结果放到G09进去算的时候发现到第六次就莫名的中断了,不知道是什么原因,我附上gjf与log报告,请教一下各位老师具体是什么原因,以及我这么处理是否正确


%chk=component13_CCPh.chk
%mem=85GB
%nprocshared=45
# opt=cartesian B3LYP/genecp iop(3/174=1000000,3/175=2238200,3/177=452900,3/178=4655000)

Title Card Require

0 1
Pd              -1   10.17138874   10.15604101    8.82536264
P                0    9.52515876    8.15907148    9.86478243
P                0   10.38774297   11.98262984    7.37538528
C                0   10.82871739    7.05473150   10.53040024
C                0    9.56100883   13.59061220    7.70892558
C                0   12.00155329    7.61607298   11.05733123
...
I               -1   11.20700213   11.37372962   11.11922318

C H P 0
6-31G*
****
Cu Pd I 0
SDD
****

Cu Pd I 0
SDD


component13_CCPhnoTHF.zip

174.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-6-19 06:22:07 | 只看该作者 Only view this author
基于最后一帧结构,继续优化

写一堆IOp完全意义不明

当前体系分子内弱相互作用那么明显,B3LYP不带色散校正根本不行,仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
强烈建议用>=G09 D.01版,带上D3校正。倘若实在只能用当前版本,用wB97XD也强得多

不建议写=cartesian,明显导致收敛更困难

对I强烈不建议用SDD,都没带d极化函数。至少要用def2-SVP,更好点用lanl08(d),仔细看下文
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html


计算这么大体系,强烈建议带上#P便于监控
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

7

帖子

0

威望

43

eV
积分
50

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-19 16:56:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-19 06:22
基于最后一帧结构,继续优化

写一堆IOp完全意义不明

十分感谢sob老师,写IOp是因为D3校正在B0.1版本里用不了,所用写了IOp去弥补没有D3校正的效果,但似乎两者并无关系

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-6-19 17:21:46 | 只看该作者 Only view this author
pingsenshi 发表于 2025-6-19 16:56
十分感谢sob老师,写IOp是因为D3校正在B0.1版本里用不了,所用写了IOp去弥补没有D3校正的效果,但似乎两 ...

写IOp是指定D3参数的,你的版本根本不支持D3,指定参数毫无意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

8988

eV
积分
20736

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2025-6-19 18:48:24 | 只看该作者 Only view this author
pingsenshi 发表于 2025-6-19 16:56
十分感谢sob老师,写IOp是因为D3校正在B0.1版本里用不了,所用写了IOp去弥补没有D3校正的效果,但似乎两 ...

如果没买更高版本的高斯,建议改用ORCA。
B3LYP不加色散校正,又是算这么大体系,结果根本没法用。我前段时间刚毙掉一篇没加色散校正的文章
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

7

帖子

0

威望

43

eV
积分
50

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-19 20:23:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-19 17:21
写IOp是指定D3参数的,你的版本根本不支持D3,指定参数毫无意义

明白了 再次感谢sob老师~

7

帖子

0

威望

43

eV
积分
50

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-19 20:25:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-19 18:48
如果没买更高版本的高斯,建议改用ORCA。
B3LYP不加色散校正,又是算这么大体系,结果根本没法用。我前 ...

感谢提醒~已经下午连夜换上D0.1的版本了,之前还以为设置了IOp就是进行了D3校正,结果发现算出来的模型与ORCA的结果差距十分大,还以为是不同软件问题,现在经过指点的话才知道原来是没有加上色散校正导致的

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 08:52 , Processed in 0.149507 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list