packmol空间限制求助，想生成填充oleicacid分子的盒子，其中DOPC球形胶束处于内部

csm · 发表于 Post on 2025-6-18 20:05:05

我想用packmol程序生成一个填充oleicacid分子的盒子，其中DOPC球形胶束处于内部，以上是我的inp文件，但却一直显示
ERROR: Packmol was unable to put the molecules
      in the desired regions even without
      considering distance tolerances.
      Probably there is something wrong with
      the constraints, since it seems that
      the molecules cannot satisfy them at
      at all.
这个错误提示，请问各位老师可以帮我看一下我的inp文件到底哪里设置不合理吗，我实在是找不到问题在哪了

Arkd · 发表于 Post on 2025-11-18 01:02:15

我也遇到了，请问解决了吗

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 2026-2-17 21:32:27

本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-2-17 21:37 编辑

@Arkd

你的DOPC看起来特别大，所以设置的30A不够，就报错了。可以在VMD里头拿比例尺看看，或者就单纯看看pdb里头坐标最大值最小值。我改了40A就可以了

这个残基名字我改了新的，用于区分两个分子。都叫MOL不好区分。这个bat脚本可以把所有文件一键转化为标准格式pdb，在windows下双击使用，需要安好Multiwfn

To pdb.bat (156 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3) 脚本

DOPCRM.zip (162.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) 改后的pdb 新的混相pdb叫mix

注意看此贴
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&highlight=packmol

yuzc · 发表于 Post on 2026-2-27 15:05:20

建模细节初期把控不好可以用一下packmol-gui，可视化位置限制和建模区域等等。

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