如何使用CHARMM-GUI的Ligand reader and modeler模块生成的配体拓扑文件

NEW12138

我遇到的问题是配体拓扑文件包里能用于GROMACS的主要有LIG.itp文件和charmm.itp文件（这个文件包含了atomtype bondtype等等），当我在topol.top里include charmm36-2021ff里的forcefield.itp文件，再include charmm.itp、 LIG.itp时，会显示LIG的atomtype等等type相互作用的参数被重复定义。而当我删除charmm.itp时，又会缺失LIG相互作用部分定义。如果要一个个修改charmm.itp文件里重复的内容，感觉会非常麻烦，因为报错完全是刷屏的形式。
我也去网上检索了多次，还看了YouTube上这个模块官方的介绍视频，但是都没有提到这些配体拓扑文件该怎么用。
所以不知道有没有老师能够指导一下，除了修改文件之外还有没有其他的方法解决现在的问题，或者说是我使用CHARMM-GUI的Ligand reader and modeler模块生成的配体拓扑文件的方法有问题，其实不应该用这两个文件
此外，由于是重复文献的内容，所以不能换成其他的软件生成小分子拓扑信息。文献参考（J. Am. Chem. Soc. 2022, 144, 18532−18544）

KazusaT

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[GROMACS] 求教，想问一下关于Invalid order for directive atomtypes这个错误的解决办法

NEW12138

KazusaT 发表于 2025-6-19 00:34
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[GROMACS] 求教，想问一下关于Invalid order for directive atomtypes这个错 ...

谢谢，我再仔细琢磨一下我的topol文件里内容的顺序问题

hugromacs

NEW12138 发表于 2025-6-19 15:41
谢谢，我再仔细琢磨一下我的topol文件里内容的顺序问题

请问解决了没有，我也是这个问题，不知道如何调整这个itp文件

NEW12138

hugromacs 发表于 2025-6-21 20:55
请问解决了没有，我也是这个问题，不知道如何调整这个itp文件

我的体系里是有磷脂和小分子，都是利用charmmm-gui生成的，之后我把charmm36-2021ff里的forcefield.itp里的include ffnonded.itp给注释掉了，而后include小分子参数文件charmm.itp,以及磷脂分子参数文件forcefield.itp，接着include对应的LIG.itp,DOPC.itp文件，就没有报错了，这时候会显示atomtype重复，不过我对比了一部分warning，发现，重复的atomtype除了电荷不一致之外，其他sigma这些参数是一致的（指charmm36-2021ff里的forcefield.itp里的include ffbonded.itp里的atomtype和LIG.itp和DOPC.itp里的atomtype出现了atomtype重复定义的问题），这个warning可以通过maxwarn过掉。你的体系不知道适不适用，可以参考一下，特别注意别少了参数