有无A分子下横向对比酯键水解自由能的建模考虑疑问

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我想比较A分子对聚酯中酯键水解自由能的影响（只针对一个酯键），目前已经开始使用cp2k做FPMD结合metadynamics（NPT系综），以横向对比有无A分子下的聚酯水解的自由能差异。因为A分子比较大（120个原子左右，含有A分子的体系中有两个A分子，属于不能再降低A分子数量的情况）。为了计算速率高一些，含有A分子体系的盒子中聚酯的结构也就70个原子左右（含有A分子的总体系包含水分子共350左右个原子，盒子边长15A左右）。如果保持聚酯结构一致，无A分子的对照体系总共160个原子左右，盒子就比较小（边长低于15A），怕结果不太合理。如果无A分子的体系中聚酯结构模型建立的稍大一些，加上几个A分子后，原子数又太多，耗时极高。
在这个过程中，我想请教下大家：除了体系中有无A分子外，聚酯的模型结构是否必须保持一致吗。我能不能仅仅在不含有A分子的对照体系下将聚酯模型建立的大一些，以使得整个体系的盒子边长在15埃左右，用该体系得到的水解自由能和含有A分子、并且聚酯原子数较少的体系下的水解自由能进行横向对比吗（因为我觉得，这两个体系下得到的都是作差得到的相对自由能，应该可以横向对比吧）