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[新手求助] 离子片段相互作用计算设置求助

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本帖最后由 moziyuan 于 2025-6-24 20:23 编辑

请问各位,像下面这个体系计算相互作用的话片段电荷如何设置?整体是带两个正电荷的三氮唑和三个氨气分子,结构优化后质子转移了,计算质子化的氨和三氮唑的相互作用时,片段电荷是设置为+3和-1吗?我尝试了这个设置,但结果与别人文章和实验结果不太相符
中间三氮唑的电荷用ADCH电荷算了基本是不带电的

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202506242000358419..png

124-Tri2 _3NH3.gjf

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发表于 Post on 2025-6-24 22:26:53 | 只看该作者 Only view this author
1,为什么不加溶剂模型? 这会影响质子是否转移

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发表于 Post on 2025-6-26 05:36:12 | 只看该作者 Only view this author
如果要重复别人的文章,仔细看:
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html

主动说清楚你希望计算哪个片段和哪个片段的相互作用、实际目的是什么。否则没法回答
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-27 10:12:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-26 05:36
如果要重复别人的文章,仔细看:
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/67 ...

sob老师好,我体系里初始是一个带+2电荷的三氮唑和三个NH3分子,结构优化后三氮唑阳离子的三个质子显然转移到氨上了,我的目的是计算三氮唑阳离子对氨气的吸附作用,这应该是需要计算二者的相互作用,由于三个质子转移了,此时我认为应该不能计算三氮唑和氨气两个片段的相互作用,而是失去质子后的三氮唑和三个氨正离子的相互作用,但是对于这种情况下如何设定片段电荷有些疑惑。
以上的结构优化是在气相下进行的,暂时未加溶剂,实际实验的溶剂是三氮唑阳离子和四苯基硼离子形成的离子液体。

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发表于 Post on 2025-6-27 12:51:04 | 只看该作者 Only view this author
moziyuan 发表于 2025-6-27 10:12
sob老师好,我体系里初始是一个带+2电荷的三氮唑和三个NH3分子,结构优化后三氮唑阳离子的三个质子显然转 ...

问题是这样的质子转移很合理。

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发表于 Post on 2025-6-30 05:42:28 | 只看该作者 Only view this author
moziyuan 发表于 2025-6-27 10:12
sob老师好,我体系里初始是一个带+2电荷的三氮唑和三个NH3分子,结构优化后三氮唑阳离子的三个质子显然转 ...

算带净电的物质,实际是溶剂环境下的情况,一定要考虑溶剂模型,很容易产生定性影响(如决定是否会自发发生质子转移)。
通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
http://sobereva.com/431http://bbs.keinsci.com/thread-10607-1-1.html

先带上再说
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